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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】如何画出特定构型的分子模型？
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qiangwxr

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何画出特定构型的分子模型？

具体如：两个四元环，有一个共同原子，四元环内角度是确定的，两个四元环的二面角也是确定的。这些固定值在结构优化是不能变。我用MS很难画出这样的分子模型，用Chem3D也没成功，很多原子没有定义的类型，不能优化。
    具体结构如下图：所有Cl-Ti-Cl键角为90度，两个四元环均为平面结构，两个四元环之间的二面角为90度。
    希望大家指点一下，困扰我很久了。
               Cl
                |
              Mg
              /    \
            Cl     Cl
             \      /
                Ti
              /    \
            Cl     Cl
             \      /
                Mg
                 |
                Cl
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1楼 2009-09-29 09:27:26
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redskywei

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+3,VIP+0):谢谢回帖交流 10-10 21:57
引用回帖:
Originally posted by qiangwxr at 2009-10-10 11:07:
经过不断尝试，反复比划（用两个手机充当两个平面四元环），总算解决了这个问题。

首先说明一下，我写的“所有Cl-Ti-Cl键角为90度”不对，以前也为此花费了大量脑细胞，在MS里怎么也调整不出四个键相互间键角都 ...

呵呵，楼主不错，很肯动脑筋。楼主的办法也不错。这次锻炼后，ms的建模都掌握的差不多了哦。我开始想到主要是通过测量的办法，也就是先旋转得到垂直平面，再测量特定的原子间距，然后选定要移动部分一边平移，一边看距离，当距离达到要求停止。当然，还有很多其他办法，大多需要精确的数值计算咯 。ms的测量功能很不错哦
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坠入无边的网~~
9楼2009-10-10 12:03:28
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
qiangwxr(金币+1,VIP+0): 9-29 15:25
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 10-1 22:43
这个可以先画再改原子坐标
优化时restraint
赞一下(12人) 回复此楼
2楼2009-09-29 13:28:37
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qiangwxr

木虫 (小有名气)
谢谢版主的回复
原子坐标一个个计算？很难让每个Cl-Ti-Cl键角都为90度，顾此失彼。想用AutoCAD，也不容易。MS没有考虑这种需求吗？
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3楼2009-09-29 15:24:52
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chenaihua

银虫 (小有名气)
★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 10-1 22:43
直接用ms建模里面的笔工具画就可以吧，之后再改
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2009-09-29 16:35:02
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