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qiangwxr

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】如何画出特定构型的分子模型？

具体如：两个四元环，有一个共同原子，四元环内角度是确定的，两个四元环的二面角也是确定的。这些固定值在结构优化是不能变。我用MS很难画出这样的分子模型，用Chem3D也没成功，很多原子没有定义的类型，不能优化。
具体结构如下图：所有Cl-Ti-Cl键角为90度，两个四元环均为平面结构，两个四元环之间的二面角为90度。
希望大家指点一下，困扰我很久了。
            Cl
            |
            Mg
            / \
         Cl    Cl
         \    /
            Ti
            / \
         Cl    Cl
         \    /
            Mg
               |
            Cl

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1楼 2009-09-29 09:27:26

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qiangwxr

木虫 (小有名气)

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wuchenwf(金币+8,VIP+0):谢谢回帖交流 10-10 21:57

经过不断尝试，反复比划（用两个手机充当两个平面四元环），总算解决了这个问题。

首先说明一下，我写的“所有Cl-Ti-Cl键角为90度”不对，以前也为此花费了大量脑细胞，在MS里怎么也调整不出四个键相互间键角都是90度。后来恍然大悟——同时与两条相互垂直的直线垂直，并经过它们交点的，只可能有一条直线。否则就是数学里的四维或更多维空间了。（：

最终方法是按照redskywei 的思路：
1. 新建一个xsd模型文件，默认的是XY平面，Z轴垂直与屏幕，不要进行旋转操作。
2. 用铅笔画两个独立的四元环，都在XY平面上。
3. 用鼠标选中其中一个四元环。
4. 从工具栏的3D Movement工具条中点击Movement按钮（一只小手），更改右边的旋转角度为90度，点击Move Around Y按钮。关闭Movement对话框。
5. 按住鼠标右键拖动旋转屏幕，直到能看见所有8个顶点。
6. 继续选中刚才旋转的四元环。从工具栏的3D Movement工具条中点击Movement按钮右边的按钮（状态栏显示Use left mouse button to move an object to another location），先点击已选中的四元环的一个顶点，再点击另一个四元环的一个顶点，把选中的四元环平移到与另一个四元环共点。
7. 点击工具栏的选择按钮（白色箭头），以退出3D移动状态。
8. 在屏幕空白处点击鼠标左键以取消选择，再点击两个四元环的交点，按键盘的Del键删除一个C原子。补上自动消失的两个C-C键。
9. 更改原子类型，增加两个Cl原子和相应的Cl-Mg键。不要点Clean。
10. 如何限定两个四元环保持在一个平面，而且两个平面相关垂直，是个麻烦的事。
11. 后来想通：既然是两个相互垂直的面，就可以固定一个面为XY面，一个面为YZ面。实现方法是：一个四元环四个原子坐标中的Z都限制不变，另一个四元环四个原子坐标中的X都限制不变。

说起来比较麻烦，其实操作还是挺快的，不知道有没有更方便的方法。

[ Last edited by qiangwxr on 2009-10-10 at 11:10 ]