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qiangwxr

木虫 (小有名气)


[交流] 【求助】如何画出特定构型的分子模型?

具体如:两个四元环,有一个共同原子,四元环内角度是确定的,两个四元环的二面角也是确定的。这些固定值在结构优化是不能变。我用MS很难画出这样的分子模型,用Chem3D也没成功,很多原子没有定义的类型,不能优化。
    具体结构如下图:所有Cl-Ti-Cl键角为90度,两个四元环均为平面结构,两个四元环之间的二面角为90度。
    希望大家指点一下,困扰我很久了。
               Cl
                |
              Mg
              /    \
            Cl     Cl
             \      /
                Ti
              /    \
            Cl     Cl
             \      /
                Mg
                 |
                Cl
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qiangwxr

木虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+8,VIP+0):谢谢回帖交流 10-10 21:57
经过不断尝试,反复比划(用两个手机充当两个平面四元环),总算解决了这个问题。

首先说明一下,我写的“所有Cl-Ti-Cl键角为90度”不对,以前也为此花费了大量脑细胞,在MS里怎么也调整不出四个键相互间键角都是90度。后来恍然大悟——同时与两条相互垂直的直线垂直,并经过它们交点的,只可能有一条直线。否则就是数学里的四维或更多维空间了。 ( :

最终方法是按照redskywei 的思路:
1. 新建一个xsd模型文件,默认的是XY平面,Z轴垂直与屏幕,不要进行旋转操作。
2. 用铅笔画两个独立的四元环,都在XY平面上。
3. 用鼠标选中其中一个四元环。
4. 从工具栏的3D Movement工具条中点击Movement按钮(一只小手),更改右边的旋转角度为90度,点击Move Around Y按钮。关闭Movement对话框。
5. 按住鼠标右键拖动旋转屏幕,直到能看见所有8个顶点。
6. 继续选中刚才旋转的四元环。从工具栏的3D Movement工具条中点击Movement按钮右边的按钮(状态栏显示Use left mouse button to move an object to another location),先点击已选中的四元环的一个顶点,再点击另一个四元环的一个顶点,把选中的四元环平移到与另一个四元环共点。
7. 点击工具栏的选择按钮(白色箭头),以退出3D移动状态。
8. 在屏幕空白处点击鼠标左键以取消选择,再点击两个四元环的交点,按键盘的Del键删除一个C原子。补上自动消失的两个C-C键。
9. 更改原子类型,增加两个Cl原子和相应的Cl-Mg键。不要点Clean。
10. 如何限定两个四元环保持在一个平面,而且两个平面相关垂直,是个麻烦的事。
11. 后来想通:既然是两个相互垂直的面,就可以固定一个面为XY面,一个面为YZ面。实现方法是:一个四元环四个原子坐标中的Z都限制不变,另一个四元环四个原子坐标中的X都限制不变。

     说起来比较麻烦,其实操作还是挺快的,不知道有没有更方便的方法。

[ Last edited by qiangwxr on 2009-10-10 at 11:10 ]
8楼2009-10-10 11:07:40
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
qiangwxr(金币+1,VIP+0): 9-29 15:25
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 10-1 22:43
这个可以先画再改原子坐标
优化时restraint
2楼2009-09-29 13:28:37
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qiangwxr

木虫 (小有名气)


谢谢版主的回复
原子坐标一个个计算?很难让每个Cl-Ti-Cl键角都为90度,顾此失彼。想用AutoCAD,也不容易。MS没有考虑这种需求吗?
3楼2009-09-29 15:24:52
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chenaihua

银虫 (小有名气)


wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 10-1 22:43
直接用ms建模里面的笔工具画就可以吧,之后再改
4楼2009-09-29 16:35:02
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