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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

[交流] 如何使用Platon软件或者直接用shelxtl软件将低对称性的结构提高,请高人指教

我有一个晶体,我用单斜Pn空间群,可以很顺利解析出来,但我认为对称性选的太低,结果使用Checkcif检查,提示晶体对称性应该为P21/c, 用Platon软件检查也提示对称性应该是P21/n,但我直接用P21/c去解析却发现解析不出来,不知为什么?
请高手帮忙,我需要如何做?谢谢!
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greenbest

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
cjlcjl8592(金币+2,VIP+0): 9-28 23:27
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢参与 9-29 19:13
File---Select Filedata----选ins 文件
Publish---Addsym Shelx
OK
世界上最远的距离  不是生与死的距离  而是我站在你面前你不知道我爱你
2楼2009-09-28 23:16:54
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

谢谢paopaomeng和greenbest 兄弟,但我转化后数据变得特别的差,GooF>4.3, R 值也很大。
没有转化前GooF~1, R~0.05,   ???


再次请求paopaomeng和greenbest 兄弟帮忙,或得到其他朋友的帮助,谢谢!

[ Last edited by cjlcjl8592 on 2009-9-28 at 23:32 ]
3楼2009-09-28 23:26:48
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xiaochong98

木虫 (职业作家)

★ ★
cjlcjl8592(金币+1,VIP+0): 9-29 17:21
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢参与 9-29 19:13
估计晶胞中主体分子为P21/n标准空间群,有溶剂分子的存在降低了对称性,或者有原子在特殊位置。
北京人
4楼2009-09-29 09:22:07
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by xiaochong98 at 2009-9-29 09:22:
估计晶胞中主体分子为P21/n标准空间群,有溶剂分子的存在降低了对称性,或者有原子在特殊位置。

有可能为P21/n,但检查总提示为P21/c空间群。没有溶剂分子的存在,是否有原子在特殊位置就不清楚了。

如何在解析好了的晶体结构中添加对称性操作,将Pn转化为P21/n。直接用P21/n解析不出来,不知道为什么?
麻烦兄弟帮忙,谢谢!
5楼2009-09-29 17:26:02
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

一些具体的晶体参数:

_symmetry_cell_setting            Monoclinic
_symmetry_space_group_name_H-M    Pn
  
loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
'x, y, z'
'x+1/2, -y, z+1/2'
  
_cell_length_a                    9.602(5)
_cell_length_b                    18.668(8)
_cell_length_c                    14.827(7)
_cell_angle_alpha                 90.00
_cell_angle_beta                  101.250(5)
_cell_angle_gamma                 90.00
_cell_volume                      2607(2)
_cell_formula_units_Z             2
_cell_measurement_temperature     293(2)
_cell_measurement_reflns_used     ?
_cell_measurement_theta_min       ?
_cell_measurement_theta_max       ?
  
_exptl_crystal_description        ?
_exptl_crystal_colour             ?
_exptl_crystal_size_max           ?
_exptl_crystal_size_mid           ?
_exptl_crystal_size_min           ?
_exptl_crystal_density_meas       ?
_exptl_crystal_density_diffrn     1.513
_exptl_crystal_density_method     'not measured'
_exptl_crystal_F_000              1200
_exptl_absorpt_coefficient_mu     2.456
_exptl_absorpt_correction_type    none
_exptl_absorpt_correction_T_min   ?
_exptl_absorpt_correction_T_max   ?
_exptl_absorpt_process_details    ?
  
_exptl_special_details
;
?
;
  
_diffrn_ambient_temperature       293(2)
_diffrn_radiation_wavelength      0.71073
_diffrn_radiation_type            MoK\a
_diffrn_radiation_source          'fine-focus sealed tube'
_diffrn_radiation_monochromator   graphite
_diffrn_measurement_device_type   'Bruker P4'
_diffrn_measurement_method        '\w scans'
_diffrn_detector_area_resol_mean  ?
_diffrn_standards_number          ?
_diffrn_standards_interval_count  ?
_diffrn_standards_interval_time   ?
_diffrn_standards_decay_%         ?
_diffrn_reflns_number             21217
_diffrn_reflns_av_R_equivalents   0.0232
_diffrn_reflns_av_sigmaI/netI     0.0342
_diffrn_reflns_limit_h_min        -12
_diffrn_reflns_limit_h_max        12
_diffrn_reflns_limit_k_min        -19
_diffrn_reflns_limit_k_max        24
_diffrn_reflns_limit_l_min        -19
_diffrn_reflns_limit_l_max        19
_diffrn_reflns_theta_min          2.18
_diffrn_reflns_theta_max          27.29
_reflns_number_total              10650
_reflns_number_gt                 8927
_reflns_threshold_expression      >2sigma(I)
  
_computing_data_collection        'Bruker XSCANS'
_computing_cell_refinement        'Bruker XSCANS'
_computing_data_reduction         'Bruker SHELXTL'
_computing_structure_solution     'SHELXS-97 (Sheldrick, 1990)'
_computing_structure_refinement   'SHELXL-97 (Sheldrick, 1997)'
_computing_molecular_graphics     'Bruker SHELXTL'
_computing_publication_material   'Bruker SHELXTL' _refine_ls_structure_factor_coef  Fsqd
_refine_ls_matrix_type            full
_refine_ls_weighting_scheme       calc
_refine_ls_weighting_details
'calc w=1/[\s^2^(Fo^2^)+(0.0758P)^2^+0.6775P] where P=(Fo^2^+2Fc^2^)/3'
_atom_sites_solution_primary      direct
_atom_sites_solution_secondary    difmap
_atom_sites_solution_hydrogens    geom
_refine_ls_hydrogen_treatment     mixed
_refine_ls_extinction_method      SHELXL
_refine_ls_extinction_coef        0.0050(8)
_refine_ls_extinction_expression
'Fc^*^=kFc[1+0.001xFc^2^\l^3^/sin(2\q)]^-1/4^'
_refine_ls_abs_structure_details
'Flack H D (1983), Acta Cryst. A39, 876-881'
_refine_ls_abs_structure_Flack    0.00
_refine_ls_number_reflns          10650
_refine_ls_number_parameters      659
_refine_ls_number_restraints      2
_refine_ls_R_factor_all           0.0539
_refine_ls_R_factor_gt            0.0440
_refine_ls_wR_factor_ref          0.1271
_refine_ls_wR_factor_gt           0.1176
_refine_ls_goodness_of_fit_ref    1.072
_refine_ls_restrained_S_all       1.072
_refine_ls_shift/su_max           0.000
_refine_ls_shift/su_mean          0.000

_diffrn_measured_fraction_theta_max    0.994
_diffrn_reflns_theta_full              27.29
_diffrn_measured_fraction_theta_full   0.994
_refine_diff_density_max    0.705
_refine_diff_density_min   -0.622
_refine_diff_density_rms    0.132
6楼2009-09-29 17:30:57
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢参与 9-29 19:14
cjlcjl8592(金币+1,VIP+0):如何转化,请指教,谢谢! 9-29 19:41
cjlcjl8592(金币+1,VIP+0): 9-30 15:04
p21/c p21/n是一样的,确可以互相转化.
xi2004-emuch@163.com
7楼2009-09-29 18:02:18
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

p21/c 与 p21/n是一样的,的确可以互相转化,我弄好了。
还有要在.ins文件中加什么命令可以不让某两个原子相连呀,请教,谢谢!
8楼2009-09-30 15:04:33
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


cjlcjl8592(金币+1,VIP+0): 9-30 16:06
free c1 c2

但是为何要这么做呢?

如果是属于无序


fvar scale factor 0.6

.
.
.

part 1
c1a      21.0
part 2
c1b     -21.0
part 0

就自然地不连了
xi2004-emuch@163.com
9楼2009-09-30 15:32:16
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

xi2004  老兄,我发ins, cif, checkcif 报告给你,
你帮我看看,需要在ins文件中加什么命令,或如何处理。
行吗?可以的话,我发给你。
10楼2009-09-30 16:12:46
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