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zzhwish

铜虫 (初入文坛)

[交流] 5'RACE测序

各位达人:我做5‘race送往生物公司测序,怎么总是测出大肠杆菌的序列来呢。我是连接转化后,送的菌液测序,另外,转化后调单克隆,我一般调14个摇菌进行PCR验证,往往只有2个或三个有片段出现,这种情况能排除大肠杆菌污染的原因么?
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zhaocy8903

木虫 (知名作家)

★ ★
zzhwish(金币+2,VIP+0): 10-16 12:54
两端有你的引物序列吗
有时候RACE会扩出一些莫名其妙的序列
2楼2009-09-28 09:16:20
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zzhwish

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by zhaocy8903 at 2009-9-28 09:16:
两端有你的引物序列吗
有时候RACE会扩出一些莫名其妙的序列

在他们给我的结果里面 我只找到我下游引物,上游引物找不到呢。
3楼2009-09-28 09:26:02
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zdf68

新虫 (正式写手)

★
zzhwish(金币+1,VIP+0): 10-16 12:54
不能排除大肠杆菌污染
4楼2009-09-28 11:19:18
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zzhwish

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by zdf68 at 2009-9-28 11:19:
不能排除大肠杆菌污染

如果是大肠杆菌污染的话,那为什么我那菌液做PCR验证的时候,出现片段的只是少数呢?
5楼2009-09-29 09:07:52
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菊花茶

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+4,VIP+0): 9-30 08:27
zzhwish(金币+2,VIP+0): 10-16 12:54
原因可能:菌落挑的不单一,这样pcr也可能检测出目的片段;菌液污染了;测序刚好测到没连接上的
你送自己的引物去测

[ Last edited by 菊花茶 on 2009-9-29 at 10:22 ]
6楼2009-09-29 10:21:11
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speker

铁虫 (初入文坛)

★
zzhwish(金币+1,VIP+0): 10-16 12:54
有时是测序公司胡乱的送一个结果给你交差的。
7楼2009-09-30 00:17:26
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annwt

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zzhwish at 2009-9-28 09:26:

在他们给我的结果里面 我只找到我下游引物,上游引物找不到呢。

测序的长度是600-800bp,如果你的序列比这个长度长,即便出现也不准。
8楼2009-09-30 08:20:09
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