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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 5'RACE测序
汕头大学海洋科学接受调剂
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zzhwish

铜虫 (初入文坛)

[交流] 5'RACE测序

各位达人：我做5‘race送往生物公司测序，怎么总是测出大肠杆菌的序列来呢。我是连接转化后，送的菌液测序，另外，转化后调单克隆，我一般调14个摇菌进行PCR验证，往往只有2个或三个有片段出现，这种情况能排除大肠杆菌污染的原因么？
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1楼 2009-09-28 08:56:13
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zhaocy8903

木虫 (知名作家)
★ ★
zzhwish(金币+2,VIP+0): 10-16 12:54
两端有你的引物序列吗
有时候RACE会扩出一些莫名其妙的序列
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2楼2009-09-28 09:16:20
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zzhwish

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhaocy8903 at 2009-9-28 09:16:
两端有你的引物序列吗
有时候RACE会扩出一些莫名其妙的序列

在他们给我的结果里面 我只找到我下游引物，上游引物找不到呢。
赞一下 回复此楼
3楼2009-09-28 09:26:02
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zdf68

新虫 (正式写手)
★
zzhwish(金币+1,VIP+0): 10-16 12:54
不能排除大肠杆菌污染
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4楼2009-09-28 11:19:18
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zzhwish

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zdf68 at 2009-9-28 11:19:
不能排除大肠杆菌污染

如果是大肠杆菌污染的话，那为什么我那菌液做PCR验证的时候，出现片段的只是少数呢？
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5楼2009-09-29 09:07:52
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菊花茶

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+4,VIP+0): 9-30 08:27
zzhwish(金币+2,VIP+0): 10-16 12:54
原因可能：菌落挑的不单一，这样pcr也可能检测出目的片段；菌液污染了；测序刚好测到没连接上的
你送自己的引物去测

[ Last edited by 菊花茶 on 2009-9-29 at 10:22 ]
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6楼2009-09-29 10:21:11
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speker

铁虫 (初入文坛)
★
zzhwish(金币+1,VIP+0): 10-16 12:54
有时是测序公司胡乱的送一个结果给你交差的。
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7楼2009-09-30 00:17:26
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annwt

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzhwish at 2009-9-28 09:26:

在他们给我的结果里面 我只找到我下游引物，上游引物找不到呢。

测序的长度是600－800bp，如果你的序列比这个长度长，即便出现也不准。
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8楼2009-09-30 08:20:09
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