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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Gromacs 模拟小分子出来怎么办？
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Gromacs 模拟小分子出来怎么办？

请教：

  我在用Gromacs做动力学模拟的时候，发现随着模拟的进行，小分子一短时间跑到水盒子外面，一会又回来了重复了好几个ns；而且，最后，发现大分子也有一部分露在盒子的外面。不知道怎么办，恳请各位高手指点迷津。

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:40 ]
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似水年华
1楼 2009-09-24 22:02:41
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★
sijifengsd(金币+1):谢谢参与
使用了周期性边界条件么？
用周期性边界条件是不会有这种问题的，在就是把盒子做大一点。。。。
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2009-09-25 18:17:42
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
sijifengsd(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-26 13:06
周期边界就会这样。不奇怪。

任何一个分子，包括水，当运动到盒子边缘时，都会一部分在盒内，一部分在盒外。实际上就是到盒子的另一侧去了。
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3楼2009-09-25 22:16:31
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by zhuhongaaa at 2009-9-25 18:17:
使用了周期性边界条件么？
用周期性边界条件是不会有这种问题的，在就是把盒子做大一点。。。。

我使用了周期性边界条件，设定盒子边缘到分子的值为 -c -d 0.9 。我的大分子和小分子不是一起动的，有时候出现小分子脱离大分子的情况，这个怎么解决啊？
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似水年华
4楼2009-09-26 10:06:31
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

请教

引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2009-9-25 22:16:
周期边界就会这样。不奇怪。

任何一个分子，包括水，当运动到盒子边缘时，都会一部分在盒内，一部分在盒外。实际上就是到盒子的另一侧去了。

这样怎么解决呢？当大分子或者小分子跑到外边的时候，做它们的rmsd时候结果偏离很大。那结果还能用么？
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似水年华
5楼2009-09-26 10:10:11
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
sijifengsd(金币+1,VIP+0):感谢回复 9-26 11:04
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-26 13:06
周期边界，你得先把坐标处理一下。
比如周期盒范围是0-10，你原始坐标为0.5,后来跑到周期盒另一边去了，坐标为9.5。考虑到周期盒的因素，它的坐标实际上是9.5-10=-0.5。
ok
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6楼2009-09-26 10:27:26
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

请教

引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2009-9-26 10:27:
周期边界，你得先把坐标处理一下。
比如周期盒范围是0-10，你原始坐标为0.5,后来跑到周期盒另一边去了，坐标为9.5。考虑到周期盒的因素，它的坐标实际上是9.5-10=-0.5。
ok

非常感谢，我还的请教您。您说的是在Gromacs 的这一步改动么：editconf -bt cubic -f *.gro -o *.gro -c -d 0.9改动后面的数字么？
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似水年华
7楼2009-09-26 10:40:12
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

请教

引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2009-9-26 10:27:
周期边界，你得先把坐标处理一下。
比如周期盒范围是0-10，你原始坐标为0.5,后来跑到周期盒另一边去了，坐标为9.5。考虑到周期盒的因素，它的坐标实际上是9.5-10=-0.5。
ok

我可能理解的有问题，我的问题在于小分子和大分子在md的时候分离的比较远，不形成复合物了，直接导致RMSD偏离较大。我一共跑了30ns的动力学，前20个ns的时候小分子和大分子还是一起的；但是到最后发现小分子和大分子分离了，并且小分子离开了盒子：您看还是周期性的问题么？
还能用trjconv解决么？
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似水年华
8楼2009-09-26 11:03:02
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wally8962

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2009-9-26 11:03:

我可能理解的有问题，我的问题在于小分子和大分子在md的时候分离的比较远，不形成复合物了，直接导致RMSD偏离较大。我一共跑了30ns的动力学，前20个ns的时候小分子和大分子还是一起的；但是到最后发现小分子和大 ...

gromacs我不熟。editconf应该是模拟前设置系统的，事后分析怎么用我就不知道了。

我只能说是那个原理。至于gromacs具体怎么处理就不清楚了。
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9楼2009-09-26 13:37:05
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★
sijifengsd(金币+1,VIP+0):谢谢 9-27 08:48
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-1 22:35
引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2009-9-26 11:03:

我可能理解的有问题，我的问题在于小分子和大分子在md的时候分离的比较远，不形成复合物了，直接导致RMSD偏离较大。我一共跑了30ns的动力学，前20个ns的时候小分子和大分子还是一起的；但是到最后发现小分子和大 ...

感觉这样的话可能是体系的问题，相互作用能太小？如果结合的较紧的话是不会分开的。。
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
10楼2009-09-26 18:39:42
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