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clickme

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】DMol3和CASTEP计算过渡金属表面吸附比较

上次yzcluster说用DMol3计算金属表面很不准确,建议用CASTEP。我接下来建立相同模型仔细比较了CASTEP以及DMol3计算Ni(100)面吸附乙烯分子(C2H4)的吸附能和构型,得到的结论是DMol3的精度能够符合计算要求,并且可以大幅度节约
计算时间。

模型是3层原子2x1晶格的Ni(100) slab构型,上面放置了C2H4分子,底层Ni原子固定。分别用DMol3和CASTEP进行了一步步Coarse,Medium和Fine的构型优化。

在最后计算能量的时候,DMol3的所有模型强制采用Orbital Cutoff 4.0eV, K point mesh:6x3x1其它采用Medium精度,对金属原子进行全电子计算时候,吸附能为1.083eV,换作ecp时候,吸附能为1.169eV.

CASTEP计算参数全都采用默认的Fine,强制采用Energy Cutoff 300.00eV.计算得到的吸附能为0.9812eV

CASTEP和DMol3计算中的Density Mixing Charge都根据MS帮助文档,计算金属表面吸附时候设定为小值0.01

DMol3采用全电子计算方法,与CASTEP的差值只有0.1eV。而且这是在DMol3用Medium精度,CASTEP为fine精度。而两者的计算速度相差很大。

这是我的初步的对比结果,希望大家能讨论一下
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clickme

木虫 (小有名气)


zdhlover(金币+1,VIP+0):欢迎常来这里交流讨论 9-24 22:00
DMol3的基集函数用的是DNP,3.5版的
2楼2009-09-25 08:50:46
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人

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zdhlover(金币+3,VIP+0):欢迎常来这里交流讨论 9-24 22:00
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Originally posted by clickme at 2009-9-24 21:55:
上次yzcluster说用DMol3计算金属表面很不准确,建议用CASTEP。我接下来建立相同模型仔细比较了CASTEP以及DMol3计算Ni(100)面吸附乙烯分子(C2H4)的吸附能和构型,得到的结论是DMol3的精度能够符合计算要求,并且可 ...

第一,你的slab太薄了,无论模拟什么材料的表面,用3层模拟肯定是不行的。其结果未必可靠。

第二,我上次说DMOL计算周期性的结果不好,只是大体上说的(比如,曾经有一个含Mg的材料的计算例子,结果居然连Mg的3d电子都明显参与成键,显然不太符合实际,我试了试,用CASTEP就不会出现这种情况)。而且,很多固体的性质是DMOL无法计算的,比如NMR等等。但是,对于某个具体的体系,究竟哪个软件更合适,就不好说了。这个你要试一试。
3楼2009-09-25 11:20:54
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clickme

木虫 (小有名气)

谢谢yzcluster老大的回复,非常感谢!

我这个模型只是用来比较用的,不是真正用拉计算吸附能的。
另外问一下,如何在DMol3种看到参与成键的电子?是进行轨道分析么?
4楼2009-09-25 16:29:00
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人

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zdhlover(金币+3,VIP+0):欢迎常来这里交流讨论 9-24 22:01
引用回帖:
Originally posted by clickme at 2009-9-25 16:29:
谢谢yzcluster老大的回复,非常感谢!

我这个模型只是用来比较用的,不是真正用拉计算吸附能的。
另外问一下,如何在DMol3种看到参与成键的电子?是进行轨道分析么?

对于DMOL能否显示出周期性体系“分子轨道”的原子成分,我不清楚,因为我没有用DMOL算过固体方面的东西。不过这个不难,你可以试一试,用print关键字,看看能否得到“布洛赫波”是由那些原子轨道组成的。
对于键合电子,一般看看态密度和穆里肯布局分析就行了。不过穆里肯布局分析对金属体系没有物理意义。这点要小心。
5楼2009-09-25 17:01:38
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clickme

木虫 (小有名气)


fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流2 9-27 16:47
受教了,学了很多。
非常感谢yzcluster老大

我再检查一下键合电子情况
6楼2009-09-25 23:10:20
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