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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物分析 » 关于使用Xcalibur处理高分辨质谱数据的问题，求大佬解答，万分感谢
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寒月孤舟

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于使用Xcalibur处理高分辨质谱数据的问题，求大佬解答，万分感谢

各位大佬，最近我们组用艾草纯露走了液质，想看一下里面有哪些成分。用的是UPLC-Q Exactive Orbitrap MS/MS。三批纯露来自同一厂家，生产日期不同，每批取三个样进仪器（取了三次，不是同一个样进三针），QC是9个样品的混合物。样品是Full MS，QC是dd-MS2。目前在用Xcalibur处理质谱原始数据。现在的问题是，通过对二级确定了QC里面有5种物质，现在想知道这5种物质分别属于哪一批，于是根据QC确定的这5种物质的tR和母离子m/z，在样品里面提取这5种物质的母离子，但是在样品里只提取到了2种物质的母离子。QC是三批纯露的混合物，这三种物质不可能每一批样品都没有吧？不然QC里怎么会出峰呢？是这3种物质在样品中含量太低了，仪器没有检测到，还是对二级出现了问题，这3种物质本来是不存在的？求大佬解答，万分感谢！
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1楼 2023-03-21 10:19:31
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寒月孤舟

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by neurbio at 2023-03-25 01:45:32
“样品是Full MS，QC是dd-MS2” 是什么意思？ QC没做二级？只通过rt确定的compounds？样品做的是FMS/dd-MS2 还是tSIM/dd-MS2 ？
等于说样品分别做二级的时候没有峰？QC的二级呢？
QC二级打一下。如果之前做的是FM ...

谢谢您的回复，QC做了二级，是FTMS/dd-MS2，不知道是不是您说的FMS-dd-MS2，样品是Full MS Scan，没有做二级。
通过用QC对一级确定 rt和分子式，再对二级确定结构。然后从每个样品里提取这些物质的母离子，记录峰面积。
现在QC里面对上了5种物质，样品中母离子峰的m/z与理论值误差很小（对上小数点后两位），同位素峰相对丰度也与理论值一致，二级的碎片离子也都能对上3个以上（对上小数点后三位），因此确定5种物质在QC里是有的，但是在样品中有3种物质的母离子怎么也找不到，但明明QC里找到了这三种物质的母离子，所以很奇怪。
请问您遇到过这种情况吗？
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3楼2023-03-25 18:39:35
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neurbio

捐助贵宾 (初入文坛)
“样品是Full MS，QC是dd-MS2” 是什么意思？ QC没做二级？只通过rt确定的compounds？样品做的是FMS/dd-MS2 还是tSIM/dd-MS2 ？
等于说样品分别做二级的时候没有峰？QC的二级呢？
QC二级打一下。如果之前做的是FMS/dd-MS2 样品可以尝试 tSIM-ddMS2，注意给rt。
可以试试两两混合，看看是不是反应了。不过这个可能性不大感觉
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2楼2023-03-25 01:45:32
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