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寒月孤舟

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于使用Xcalibur处理高分辨质谱数据的问题,求大佬解答,万分感谢

各位大佬,最近我们组用艾草纯露走了液质,想看一下里面有哪些成分。用的是UPLC-Q Exactive Orbitrap MS/MS。三批纯露来自同一厂家,生产日期不同,每批取三个样进仪器(取了三次,不是同一个样进三针),QC是9个样品的混合物。样品是Full MS,QC是dd-MS2。目前在用Xcalibur处理质谱原始数据。现在的问题是,通过对二级确定了QC里面有5种物质,现在想知道这5种物质分别属于哪一批,于是根据QC确定的这5种物质的tR和母离子m/z,在样品里面提取这5种物质的母离子,但是在样品里只提取到了2种物质的母离子。QC是三批纯露的混合物,这三种物质不可能每一批样品都没有吧?不然QC里怎么会出峰呢?是这3种物质在样品中含量太低了,仪器没有检测到,还是对二级出现了问题,这3种物质本来是不存在的?求大佬解答,万分感谢!
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neurbio

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“样品是Full MS,QC是dd-MS2” 是什么意思? QC没做二级?只通过rt确定的compounds?样品做的是FMS/dd-MS2 还是tSIM/dd-MS2 ?
等于说样品分别做二级的时候没有峰?QC的二级呢?
QC二级打一下。如果之前做的是FMS/dd-MS2 样品可以尝试 tSIM-ddMS2,注意给rt。
可以试试两两混合,看看是不是反应了。不过这个可能性不大感觉
2楼2023-03-25 01:45:32
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寒月孤舟

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by neurbio at 2023-03-25 01:45:32
“样品是Full MS,QC是dd-MS2” 是什么意思? QC没做二级?只通过rt确定的compounds?样品做的是FMS/dd-MS2 还是tSIM/dd-MS2 ?
等于说样品分别做二级的时候没有峰?QC的二级呢?
QC二级打一下。如果之前做的是FM ...

谢谢您的回复,QC做了二级,是FTMS/dd-MS2,不知道是不是您说的FMS-dd-MS2,样品是Full MS Scan,没有做二级。
通过用QC对一级确定 rt和分子式,再对二级确定结构。然后从每个样品里提取这些物质的母离子,记录峰面积。
现在QC里面对上了5种物质,样品中母离子峰的m/z与理论值误差很小(对上小数点后两位),同位素峰相对丰度也与理论值一致,二级的碎片离子也都能对上3个以上(对上小数点后三位),因此确定5种物质在QC里是有的,但是在样品中有3种物质的母离子怎么也找不到,但明明QC里找到了这三种物质的母离子,所以很奇怪。
请问您遇到过这种情况吗?
3楼2023-03-25 18:39:35
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