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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】求助团簇模型的优化问题
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rencuihuan_0212

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助团簇模型的优化问题

团簇模型模拟固体表面的吸附，gview画出团簇模型后有氢原子封闭，在高斯中优化想得到稳定结构，但结果总是团簇中被吸附原子（没有加氢）之间形成化学键，得不到想要的团簇结构。不知道问题出在那里，请高手指教。
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1楼2009-09-23 20:37:22
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jyzhao1981

木虫 (正式写手)
★
rencuihuan_0212(金币+1,VIP+0): 9-24 16:09
你看看输入文件中H加上了没有
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人生需要多少等待？
2楼2009-09-24 09:44:38
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hakuna

木虫 (知名作家)
★
rencuihuan_0212(金币+1,VIP+0): 9-24 16:09
是否初始结构中，吸附原子位置给得太高了，离表面太远了？
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3楼2009-09-24 11:22:21
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rencuihuan_0212

金虫 (小有名气)
看输入文件了，氢已经加上了。团簇表面还没有加吸附原子，刚画出团簇模型。想优化一下。
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4楼2009-09-24 16:08:33
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jyzhao1981

木虫 (正式写手)
把你的输入文件帖上来看看
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5楼2009-09-25 09:30:12
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rencuihuan_0212

金虫 (小有名气)
%chk=GaN.chk
%mem=50MW
%nproc=1
# opt b3lyp/3-21g

Title Card Required

0 1
Ga
Ga                 1              B1
N                  2              B2    1              A1
N                  1              B3    3              A2    2              D1
N                  2              B4    1              A3    4              D2
Ga                 4              B5    1              A4    3              D3
Ga                 4              B6    1              A5    3              D4
Ga                 5              B7    2              A6    1              D5
Ga                 7              B8    4              A7    1              D6
Ga                 9              B9    7              A8    4              D7
N                  9             B10    7              A9    4              D8
N                  7             B11    4             A10    1              D9
N                 10             B12    9             A11    7             D10
N                  9             B13    7             A12    4             D11
Ga                14             B14    9             A13    7             D12
Ga                14             B15    9             A14    7             D13
N                  6             B16    4             A15    1             D14
N                  7             B17    4             A16    1             D15
N                 10             B18    9             A17    7             D16
Ga                18             B19    7             A18    4             D17
Ga                18             B20    7             A19    4             D18
Ga                19             B21   10             A20    9             D19
N                  1             B22    4             A21    7             D20
N                  2             B23    1             A22   23             D21
N                  8             B24    5             A23    2             D22
Ga                24             B25    2             A24    1             D23
H                 13             B26   10             A25    9             D24
H                 13             B27   10             A26    9             D25
H                  9             B28    7             A27    4             D26
H                 12             B29    7             A28    4             D27
H                 11             B30    9             A29    7             D28
H                 11             B31    9             A30    7             D29
H                  6             B32    4             A31    1             D30
H                  4             B33    1             A32   23             D31
H                  1             B34   23             A33   26             D32
H                  3             B35    2             A34    1             D33
H                  3             B36    2             A35    1             D34
H                  2             B37    1             A36   23             D35
H                  8             B38    5             A37    2             D36
H                 10             B39    9             A38    7             D37
H                 14             B40    9             A39    7             D38
H                 19             B41   10             A40    9             D39
H                 17             B42    6             A41    4             D40
H                 23             B43    1             A42    4             D41
H                 24             B44    2             A43    1             D42
H                 25             B45    8             A44    5             D43
H                 26             B46   24             A45    2             D44
H                 22             B47   19             A46   10             D45
H                 15             B48   14             A47    9             D46
H                  5             B49    2             A48    1             D47

   B1             3.30661185
   B2             1.94647790
   B3             1.93875632
   B4             1.92917834
   B5             1.93951735
   B6             1.92151499
   B7             1.95324117
   B8             3.16730702
   B9             3.16767271
   B10            1.90195245
   B11            1.93563552
   B12            1.94861743
   B13            1.87103049
   B14            2.00707902
   B15            1.94452875
   B16            1.85663599
   B17            1.81885305
   B18            1.84787060
   B19            2.02714055
   B20            1.90578205
   B21            1.84074080
   B22            1.87264838
   B23            2.01079366
   B24            1.89928796
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   B30            1.03173605
   B31            1.03132487
   B32            1.57918999
   B33            1.03657021
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   A33          109.27313690
   A34          104.33047066
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   A39          114.75218903
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   A45          122.82634070
   A46          126.14255621
   A47          120.78483635
   A48          108.14549351
   D1            60.88735310
   D2             4.64841251
   D3           174.26392424
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   D22          -71.05590327
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   D25          171.35027311
   D26         -129.98051718
   D27          -61.10608283
   D28          162.41916928
   D29          -85.13791206
   D30          -61.02632784
   D31         -176.02707650
   D32          121.64251175
   D33         -115.01859530
   D34          130.79016707
   D35          127.98179004
   D36           58.96349708
   D37          157.31687112
   D38          149.96487470
   D39          -91.55973508
   D40         -124.82363775
   D41          124.82862683
   D42          147.26662656
   D43          128.05185782
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   D45          106.86422353
   D46         -118.57498450
   D47          -99.23777408
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6楼2009-09-26 15:45:07
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
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rencuihuan_0212(金币+2,VIP+0):谢谢！ 9-27 13:28
gwdavid(金币+10,VIP+0):呵呵，辛苦你啦！ 9-27 15:39
今天正好周日有空，就叨叨两句吧，给出的全是良心的建议，当然听不听，看楼主自己的意愿了。

第一个问题：关于形成了化学键。
首先你要知道一点，化学键不是看GV的。

有人以为GV在两个原子之间画了一根棍儿，那就是有化学键，GV没有在两个原子之间画棍儿，那就是没有化学键，这个想法是极其错误的。
具体可参看这个帖子的问题（3.1）号：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146&fpage=1

第二个问题：关于你的方法

b3lyp不适合氢键作用力和长程作用力。你做表面吸附，有一个从远到近的过程，其中必定有长程作用，所以用b3lyp不合适。你需要优选一个方法。优选方法，在JPCA 2007 111 10439-10452这个文章中有详述

第三个问题：关于你的基组

3-21g绝对不合适。这个基组很低，而且适合处理化学键的作用，而不适合处理氢键、远程作用。处理氢键作用，一般要在氢原子上加一两组p轨道，如果加上一组d轨道会更好。处理远程作用，最好能在重原子上加弥散函数。
其实高斯型基函，处理远程作用本来就是弱项。但是我基本不做远程作用，我知道didz/劈裂价键基组/mg3s这3个基函的组合，适合远程作用来着，但是它们怎么组合的，忘了，你再查查文献吧


[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-27 at 16:27 ]
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7楼2009-09-27 11:36:46
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