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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员

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[交流] 【讨论】MD计算扩散的几个重要细节问题

利用MS的discover模块计算小分子在分子筛中的扩散。。有些细节问题希望大家能讨论一下，给予所有做扩散的同志一点启示。。狂谢！！！
主要遇到的问题如下：
1. 需不需要执行set up里automatic的calculate partial charge（见图1）,对于小分子已插入分子筛中的结构，若MD前自动计算了电荷，则会出现能量警示：the simulation box is not neutral ...所以后来我后来就没有自动计算电荷了，但得到的MSD结果会很小。。很奇怪。。
2. 在MD前优化小分子已插入分子筛中的结构，minimizer时，需不需要勾选optimiz cell 这个选项（见图2）。。还有体系较大有700原子超过了预定了200原子怎么办？以及，是不是在equilibration 动力学后也要再minimizer ？
3. 温控方法为nose时，Q=1和10那个更合理（图3）？是不是平衡体系时用10而production时用1 ？平衡动力学时是不是要用velocity-scale温控方法？
4. 计算扩散时，是不是必须要先在高温下equilibration一段时间，在计算的目标温度（较低温度）下平衡体系可以吗？
5. analysis时出现 over flow 的警示框，这样得到的结果还具有可靠性吗？是什么原因。。
6. 可不可以任取动力学时间中MSD较呈直线趋势的一段来计算扩散系数？
7. 双组份小分子在分子筛中自扩散系数怎么算？要按浓度比将两种小分子随机插入分子筛中然后edit不同的sets来做各自在分子筛中的扩散系数吗？

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-14 at 15:32 ]

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