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fanxing001

铜虫 (小有名气)

[交流] 关于16s rDNA确定属和种的问题

各位,细菌的16s rDNA测序后,在NCBI上BLAST后,同源性多少以上算是同属,多少以上算是同种?我看到有些文献确定种时,同源性定在97%或98.5%,但是没看到属的,各位有没有相关的文献证据?

[ Last edited by amisking on 2009-10-16 at 17:17 ]
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xichen4834

金虫 (小有名气)

好像属的界线比较模糊,我之前对比的99%。比较郁闷,期待牛人!
3楼2009-10-16 16:50:07
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yuning907

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
一般情况下blast后,属基本一致吧。有文献报道种的划分要求98%以上。
4楼2009-10-16 18:33:50
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fungi1205

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
按我的结果,同种真菌的栽培种18S末端比对都可以达到99.84%。
也想问问这个问题,期待楼下的回复…………
加油,发挥人生最大的热量温暖身边的人
5楼2009-10-18 01:31:46
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