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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于16s rDNA确定属和种的问题
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fanxing001

铜虫 (小有名气)

[交流] 关于16s rDNA确定属和种的问题

各位，细菌的16s rDNA测序后，在NCBI上BLAST后，同源性多少以上算是同属，多少以上算是同种？我看到有些文献确定种时，同源性定在97%或98.5%，但是没看到属的，各位有没有相关的文献证据？

[ Last edited by amisking on 2009-10-16 at 17:17 ]
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1楼 2009-09-22 20:51:53
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zxhong

金虫 (正式写手)
我也想知道
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2楼2009-09-23 10:42:40
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xichen4834

金虫 (小有名气)
好像属的界线比较模糊，我之前对比的99%。比较郁闷，期待牛人！
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3楼2009-10-16 16:50:07
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yuning907

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一般情况下blast后，属基本一致吧。有文献报道种的划分要求98%以上。
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4楼2009-10-16 18:33:50
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fungi1205

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
按我的结果，同种真菌的栽培种18S末端比对都可以达到99.84%。
也想问问这个问题，期待楼下的回复…………
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加油，发挥人生最大的热量温暖身边的人
5楼2009-10-18 01:31:46
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