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【求助】Amber9 并行安装 测试出错
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一直在学着用动力学的东西，学着安装amber9 首先讲下之前的安装：单机版的安装全是对了，make test.serial也没有出错 之后安装并行版，用的是mpich2，configure和make parallel也没有出错，但是测试make test.parallel的时候就出错了。 一开始以为是mpich的安装位置不对，第一次装在amber9/src的目录下，第二次装在/home下，第三次装在/opt下，三次的出错信息都是一样的。我把出错的信息贴出来，等待高手解答。跪谢啊~~ [root@xmpu206 test]# export DO_PARALLEL='mpirun -np 4' [root@xmpu206 test]# make test.parallel export TESTsander=/home/xmpu206/amber9/exe/sander.MPI; make test.sander.BASIC make[1]: Entering directory `/home/xmpu206/amber9/test' cd dmp; ./Run.dmp This test not set up for parallel cannot run in parallel with #residues < #pes cd adenine; ./Run.adenine This test not set up for parallel cannot run in parallel with #residues < #pes ============================================================== cd cytosine; ./Run.cytosine mpirun: Command not found. ./Run.cytosine: Program error make[1]: *** [test.sander.BASIC] Error 1 make[1]: Leaving directory `/home/xmpu206/amber9/test' make: *** [test.sander.BASIC.MPI] Error 2 ps：我用which mpirun也没找到，但是我可以在我的安装目录下找到这个文件。我猜是不是需要指定一下mpi的使用路径，但是我的.bashrc里MPI_HOME以及库的路径都是对的啊！！极度困扰~~ [ Last edited by zdhlover on 2009-11-14 at 15:35 ] |
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5楼2009-09-22 11:24:25
sandf
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尝试 1, 独立手动运行一下mpirun命令试一下，看看是否还提示命令找不到。 2, 在.bashrc里改 PATH 命令， 我用过mpirun在其他的程序里，简单的设置 set path = ( /home/lyzhao/calcsoft/mpich-1.2.7p1/bin $path) in .cshrc 即可。估计MPI_HOME都不要，除非amber9有要求。 |
2楼2009-09-21 20:33:56
3楼2009-09-22 10:10:38
sandf
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1， 独立手动运行一下mpirun命令试一下，看看是否还提示命令找不到。 《--这个是什么结果？ 2，改shell PATH的话，方法要对。 # .bash_profile # Get the aliases and functions if [ -f ~/.bashrc ]; then . ~/.bashrc fi # User specific environment and startup programs PATH=$PATH:你的mpirun的目录。 如：PATH=$PATH:/home/lyzhao/calcsoft/mpich-1.2.7p1/bin export PATH |
4楼2009-09-22 10:43:04