| 查看: 418 | 回复: 4 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
【求助】Amber9 并行安装 测试出错
|
|||
|
一直在学着用动力学的东西，学着安装amber9 首先讲下之前的安装：单机版的安装全是对了，make test.serial也没有出错 之后安装并行版，用的是mpich2，configure和make parallel也没有出错，但是测试make test.parallel的时候就出错了。 一开始以为是mpich的安装位置不对，第一次装在amber9/src的目录下，第二次装在/home下，第三次装在/opt下，三次的出错信息都是一样的。我把出错的信息贴出来，等待高手解答。跪谢啊~~ [root@xmpu206 test]# export DO_PARALLEL='mpirun -np 4' [root@xmpu206 test]# make test.parallel export TESTsander=/home/xmpu206/amber9/exe/sander.MPI; make test.sander.BASIC make[1]: Entering directory `/home/xmpu206/amber9/test' cd dmp; ./Run.dmp This test not set up for parallel cannot run in parallel with #residues < #pes cd adenine; ./Run.adenine This test not set up for parallel cannot run in parallel with #residues < #pes ============================================================== cd cytosine; ./Run.cytosine mpirun: Command not found. ./Run.cytosine: Program error make[1]: *** [test.sander.BASIC] Error 1 make[1]: Leaving directory `/home/xmpu206/amber9/test' make: *** [test.sander.BASIC.MPI] Error 2 ps：我用which mpirun也没找到，但是我可以在我的安装目录下找到这个文件。我猜是不是需要指定一下mpi的使用路径，但是我的.bashrc里MPI_HOME以及库的路径都是对的啊！！极度困扰~~ [ Last edited by zdhlover on 2009-11-14 at 15:35 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
伙伴们，祝我生日快乐吧
已经有26人回复
-
机械专硕325，寻找调剂院校
已经有4人回复
-
333求调剂
已经有7人回复
-
考研化学学硕调剂，一志愿985
已经有4人回复
-
0854控制工程 359求调剂 可跨专业
已经有9人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有9人回复
-
化学调剂0703
已经有8人回复
-
环境工程调剂
已经有6人回复
-
326求调剂
已经有7人回复
-
一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂
已经有5人回复
sandf
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 1631.4
- 散金: 121
- 红花: 2
- 帖子: 604
- 在线: 136.6小时
- 虫号: 305516
- 注册: 2006-12-10
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢交流 9-21 22:14
loovfnd(金币+1,VIP+0):谢谢参与！ 9-22 09:45
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢交流 9-21 22:14
loovfnd(金币+1,VIP+0):谢谢参与！ 9-22 09:45
|
尝试 1, 独立手动运行一下mpirun命令试一下，看看是否还提示命令找不到。 2, 在.bashrc里改 PATH 命令， 我用过mpirun在其他的程序里，简单的设置 set path = ( /home/lyzhao/calcsoft/mpich-1.2.7p1/bin $path) in .cshrc 即可。估计MPI_HOME都不要，除非amber9有要求。 |
2楼2009-09-21 20:33:56
3楼2009-09-22 10:10:38
sandf
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 1631.4
- 散金: 121
- 红花: 2
- 帖子: 604
- 在线: 136.6小时
- 虫号: 305516
- 注册: 2006-12-10
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
linyi5610(金币+10,VIP+0):谢谢~~ 9-22 11:23
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
linyi5610(金币+10,VIP+0):谢谢~~ 9-22 11:23
|
1， 独立手动运行一下mpirun命令试一下，看看是否还提示命令找不到。 《--这个是什么结果？ 2，改shell PATH的话，方法要对。 # .bash_profile # Get the aliases and functions if [ -f ~/.bashrc ]; then . ~/.bashrc fi # User specific environment and startup programs PATH=$PATH:你的mpirun的目录。 如：PATH=$PATH:/home/lyzhao/calcsoft/mpich-1.2.7p1/bin export PATH |
4楼2009-09-22 10:43:04
5楼2009-09-22 11:24:25
