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Lionzaka

新虫 (初入文坛)

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专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

[交流] 小白提问关于单位转换

刚刚接触LAMMPS，本身物理基础也不是很好，不太会设置一些参数。本人主要使用LAMMPS研究聚电解质溶液。

选用LJ相互作用势，将LJ表达式中ε作为能量单位；将库伦能作为静电相互作用，库伦强度系数Γ=lb/l0，lb是Bjerrum长度，l0是长度单位。Γ取值在0.1-7.0之间。在使用郎之万动力学进行模拟时，需提供温度，想知道如何计算温度。

如果按照能量单位来说，ε=kbT，那这里T岂不是1/kb?

以及在Bjerrum长度中有真空介电常数，这个要如何转换为单位为lj下的数值？

下面是in文件。
# BD simulation of polyelectrolyte polymer in counterion ion

echo             screen

units                lj  # 单位
dimension       3 # BOX维度
#newton          on  # 默认是on，体系特别大的时候可以off
boundary       p p p # 周期性边界
atom_style       full  # 原子类型重点需要搞清楚

bond_style       harmonic # 设置键、角相互作用
angle_style    harmonic

read_data       data.file # 读取data文件

pair_style       lj/cut/coul/long 1.12246 8.0  # 设置对相互作用
pair_coeff       1 1 1.0 1.0
pair_coeff       1 2 1.0 0.8 0.898 # 0.8*1.12246
pair_coeff       2 2 1.0 0.6 0.673 # 0.6*1.12246
pair_modify    shift yes #保证能量在截断点时为0

#pair_style       soft 1.12246
#pair_coeff       * * 10.0

bond_coeff       1 5000.0 1.0  #键、角的系数
angle_coeff    1 50.0 180.0

kspace_style    pppm 1.0e-4
kspace_modify    order 6

###########################################
# 能量最小化

minimize       1.0e-4 1.0e-6 10000 100000

# 写fix语句，实现分子动力学模拟-郎之万动力学

neighbor       0.3 bin
#neigh_modify    every 2 delay 10 check yes page 100000 #delay 10 代表隔10步

velocity       all create 1.2 4928459 rot yes dist gaussian

fix             10 all nve
fix             20 all langevin 1.2 1.2 1000.0 699483  #zero yes

thermo          1000
thermo_style    custom step temp pe etotal press vol

# 弛豫过程
dump             1 all atom 1000 dump1.lammpstrj #收集数据,隔1000步收集一个
run             10000

# data collection
undump          1
dump             2 all custom 1000 dump2.lammpstrj id type mol x y z vx vy vz fx fy fz
run             100000

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