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小白提问 关于单位转换
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刚刚接触LAMMPS，本身物理基础也不是很好，不太会设置一些参数。本人主要使用LAMMPS研究聚电解质溶液。 选用LJ相互作用势，将LJ表达式中ε作为能量单位；将库伦能作为静电相互作用，库伦强度系数Γ=lb/l0，lb是Bjerrum长度，l0是长度单位。Γ取值在0.1-7.0之间。在使用郎之万动力学进行模拟时，需提供温度，想知道如何计算温度。 如果按照能量单位来说，ε=kbT，那这里T岂不是1/kb? 以及在Bjerrum长度中有真空介电常数，这个要如何转换为单位为lj下的数值？ 下面是in文件。 # BD simulation of polyelectrolyte polymer in counterion ion echo screen units lj # 单位 dimension 3 # BOX维度 #newton on # 默认是on，体系特别大的时候可以off boundary p p p # 周期性边界 atom_style full # 原子类型 重点需要搞清楚 bond_style harmonic # 设置键、角相互作用 angle_style harmonic read_data data.file # 读取data文件 pair_style lj/cut/coul/long 1.12246 8.0 # 设置对相互作用 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 pair_coeff 1 2 1.0 0.8 0.898 # 0.8*1.12246 pair_coeff 2 2 1.0 0.6 0.673 # 0.6*1.12246 pair_modify shift yes #保证能量在截断点时为0 #pair_style soft 1.12246 #pair_coeff * * 10.0 bond_coeff 1 5000.0 1.0 #键、角的系数 angle_coeff 1 50.0 180.0 kspace_style pppm 1.0e-4 kspace_modify order 6 ########################################### # 能量最小化 minimize 1.0e-4 1.0e-6 10000 100000 # 写fix语句，实现分子动力学模拟-郎之万动力学 neighbor 0.3 bin #neigh_modify every 2 delay 10 check yes page 100000 #delay 10 代表隔10步 velocity all create 1.2 4928459 rot yes dist gaussian fix 10 all nve fix 20 all langevin 1.2 1.2 1000.0 699483 #zero yes thermo 1000 thermo_style custom step temp pe etotal press vol # 弛豫过程 dump 1 all atom 1000 dump1.lammpstrj #收集数据,隔1000步收集一个 run 10000 # data collection undump 1 dump 2 all custom 1000 dump2.lammpstrj id type mol x y z vx vy vz fx fy fz run 100000 |
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