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yf-deng金虫 (正式写手)
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EcoRI酶为何切不开？
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大家好！我最近在做AFLP，刚开始酶切就不顺利。采用EcoRI/MseI酶切组合，两种酶的单酶切和双酶切结果对照发现EcoRI没有切动。为此： 试用了TaKaR和fermentas的EcoRI对基因组进行单酶切（采用不同的酶量，不同的酶切时间和不同的buffer组合），但仍然无法切开。 之后，又对DNA抽提方法进行改进（用了盐析法和酚氯法）抽提DNA，仍无法切开。 所以我有以下疑问： 1、模板DNA的应该可确定没有问题（MseI切的很好），难道是基因组本省EcoRI酶切位点极少？ 2、目前我做的这个生物有两篇AFLP的报道，采用的EcoRI/MseI双酶切组合，他们的结果会不会是仅仅是MseI单酶切的结果，因为其他的原因，我不方便和这两篇文章的作者联系。 我的对策： 1、买NEB的EcoRI试试 2、若还切不开，只好换用酶切组合（这需要对该生物现有序列的分析来确定其基因组大致的GC含量，为此我专门发了个帖子请问大家可有比较方便的在线工具或软件来分析序列的GC含量） 恳请大家提出宝贵意见！非常感谢！ 下图靠近marker的三个是不同buffer的EcoRI酶切结果，最边上是基因组DNA [ Last edited by yf-deng on 2009-9-22 at 16:19 ] |
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