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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】计算基团间相互作用能
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zrcrong

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】计算基团间相互作用能

请问一下各位，如何用Gaussian03计算不同分子间的相互作用能或者不同基团的相互作用能？
谢谢大家！
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1楼2009-09-19 15:16:20
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)
erylingjet(金币+0,VIP+0):非也 9-20 12:25
bsse
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莫强求！
2楼2009-09-20 09:36:23
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★
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yjcmwgk(金币+0,VIP+0):BSSE还是必须的！ 9-20 13:27
楼主说的范围太大了.

A的能量
B的能量
AB的能量

做个差就OK了
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3楼2009-09-20 12:25:01
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ZJboy

木虫 (著名写手)
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):bsse也是必须 9-20 13:28
A+B=AB，把E(A)+E(B)-E(AB),得结合能
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4楼2009-09-20 12:45:53
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 9-22 08:55
loovfnd斑斑和erylingjet斑斑都说了一半。
A+B=AB,结合能=E(A)+E(B)-E(AB)
算的时候必须做bsse校正
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5楼2009-09-20 13:29:00
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 9-22 08:55
要是LZ想要的是分子间或基团间的作用能？简单的比如两个水分子间的作用能，用高斯计算似乎....？
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6楼2009-09-20 14:45:55
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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loovfnd(金币+5,VIP+0):谢谢指教！ 9-20 21:27
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-9-20 14:45:
要是LZ想要的是分子间或基团间的作用能？简单的比如两个水分子间的作用能，用高斯计算似乎....？

（1）结构优化：
两个水分子相互作用（以氢键作用为主）,经过测试（JPCA，2007，10439-10452），mpw3lyp/mg3s在结构优化中取得了最好成绩。
如何在高斯03中实现mpw3lyp呢？
#mpwlyp/6-31+G(d,p) iop(3/76=1000002000) iop(3/77=0720008000) iop(3/78=0810010000)

两个稀有气体分子之间的作用（范德华力作用为主），b97-1/mg3s在结构优化中取得了最好成绩。
b97-1在高斯03的泛函列表中存在。
（2）结合能计算
用氢键组建的dimer的结合能计算，b97-1/mg3s取得了最优成绩
用氢键组建的含有pi 体系的dimer的结合能计算，pwb6k/mg3s取得了最优成绩
用范德华力组建的dimer的结合能计算，b97-1/mg3s和b97-1/didz/aug-cc-pvtz/mg3s，对不同体系均取得了不错的成绩。m05-2x/aug-cc-pvtz精度稍差。
注1：Gaussian E01版实现了m05-2x。
注2：下载一个Minnesota Gaussian Functional Module（免费的），将它安装进Gaussian D01或E01版中，就能实现pwb6k。

Gaussian中没有mg3s基组，要自己手工输入

讲述结束，斑竹给钱！敲了好多字啊

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-20 at 21:27 ]
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7楼2009-09-20 15:24:45
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
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版主快给钱，这么详细的解说让我们菜鸟们大长见识。
不过，这也让我们对基组是通用性&专用性产生了疑问。现在又要请教大侠们了。一是高斯中包含的基组有限，其说明书或手册中并未对其进行分类。若是带电荷基团间相互作用应该用什么方法和基组？LS介绍的基组大多并非高斯自带的。若菜鸟们要计算一个体系通过检索无相关文献，属新计算体系，那又应如何确定用何基组效果和精度最好？依据是什么？

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-20 at 21:28 ]
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8楼2009-09-20 17:14:15
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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loovfnd(金币+3,VIP+0):谢谢指教！ 9-20 21:27
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-9-20 17:14:
版主快给钱，这么详细的解说让我们菜鸟们大长见识？。
不过，这也让我们对基组是通用性？还是专用性？又要请教大侠们了。一是高斯中包含的基组有限，其说明书或手册中并未对其进行分类。若是带电荷基团间相互作用 ...

这个……要查文献才行的！
如果实在不想查文献，短程作用（化学键的作用力），B3LYP（结构）+MPn（跑单点算轨道）+PBE1PBE（配合NBO算电子布局），就是很通用的选择。结果总不会太差。
注意，B3LYP处理长程作用很不理想
基组嘛，如果也实在不想查文献，劈裂价键基组+赝势基组（LanL2DZ或SDD）就能解决绝大部分问题
其实，最好的选择，往往是你读了大量文献，才能得到的。
B3LYP，MPn，PBE，劈裂价键基组，LanL2DZ，SDD……这些通用的东西，确实是不错的，但一般来说不是最优的。这也是通用方法的局限性——普适性+低精度。而专用的方法，虽然可以得到很高的精度，但是往往不具有普适性
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9楼2009-09-20 21:18:56
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yjcmwgk

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loovfnd(金币+1,VIP+0):感谢参与 9-21 19:22
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-9-20 17:14:
版主快给钱，这么详细的解说让我们菜鸟们大长见识。
不过，这也让我们对基组是通用性&专用性产生了疑问。现在又要请教大侠们了。一是高斯中包含的基组有限，其说明书或手册中并未对其进行分类。若是带电荷基 ...

这也让我们对基组是通用性&专用性产生了疑问。
这个问题见楼上
现在又要请教大侠们了。一是高斯中包含的基组有限，其说明书或手册中并未对其进行分类。若是带电荷基团间相互作用应该用什么方法和基组？
这个我没法直接说，“带电荷基团”太广泛了，明确些！
LS介绍的基组大多并非高斯自带的。
别以为高斯是万能的，切切！高斯不是百科全书，自己要发挥主动性
若菜鸟们要计算一个体系通过检索无相关文献，属新计算体系，那又应如何确定用何基组效果和精度最好？依据是什么？
我就不信没有类似的体系被计算过！如果你真的计算了一个体系，连类似的都没有，那么恭喜你——你要投N或S了。呵呵，开个玩笑
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10楼2009-09-20 21:33:35
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