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paramecium86
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6楼2023-02-18 09:32:25
paramecium86
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zhou2009: 金币+5 2023-02-14 13:59:34
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构象搜索程序么？ 一般是用 1. 单键旋转的穷举搜索法 基于这种算法的有spartan(收费，老版本能搜到不可描述版） gmmx （ GaussView的插件。收费。操作简单） pcmodel10（ 免费， 基本和gmmx用相同的算法，兼容高斯的输入输出文件） conflex （收费）openbabel （遗传算法，免费） 2. 基于分子动力学 代表性的有xtb+crest做 metadynamics 或者用xtb直接跑动力学搭配molclus（流程见sob的帖子。https://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html ） 我教程（1.6版本）的附录里比较了几种构象搜索算法以及简单的操作流程。https://muchong.com/t-14242735-1 以上是单分子的构象搜索。如果是需要多分子组合成团簇来搜索结构那可以尝试张鋆老师的 abcluster https://bbs.keinsci.com/thread-26088-1-1.html |
2楼2023-02-14 09:28:26