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文言文铁杆木虫 (著名写手)
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[交流]
晶体解析的疑问
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晶体解析的问题 各位虫友大家好，有这样一个问题向大家请教： 有这样一个晶体 C2 H10 Cl2 N2 （盐酸乙二胺）它的ins文件为： TITL 080308f in P2(1)/c CELL 0.71073 4.4267 6.8827 9.9603 90.000 91.275 90.000 ZERR 2.00 0.0006 0.0008 0.0011 0.000 0.001 0.000 LATT 1 SYMM -X, 0.5+Y, 0.5-Z SFAC C H N Cl UNIT 4 20 4 4 size 0.48 0.40 0.38 OMIT -3.00 50.04 L.S. 8 ACTA BOND $H htab 2 conf FMAP 2 PLAN 5 WGHT 0.041200 0.113200 FVAR 1.739270 TEMP 25 MOLE 1 Cl1 4 0.592734 0.080072 0.329552 11.000000 0.038060 0.030490 = 0.025570 0.001440 -0.000410 0.000520 N1 3 1.049089 0.742778 0.416319 11.000000 0.036100 0.024750 = 0.026610 0.001140 -0.000330 0.003630 AFIX 137 H1A 2 1.173120 0.794811 0.477997 11.000000 -1.500000 H1B 2 0.915563 0.831580 0.388562 11.000000 -1.500000 H1C 2 1.155486 0.702231 0.346913 11.000000 -1.500000 AFIX 0 C1 1 0.887658 0.575706 0.475435 11.000000 0.027410 0.026770 = 0.025090 0.000840 -0.000870 0.001670 AFIX 23 H1D 2 0.752108 0.518798 0.408441 11.000000 -1.200000 H1E 2 0.767750 0.620011 0.549803 11.000000 -1.200000 AFIX 0 HKLF 4 END 现在的问题就是cif检测的时候检测出来的图形只有一个氯，（图形见纳米盘）用Mercury 1.4看时也只有一个氯，再用xp做分子图时也只有一个氯（之前也用了grow指令）但是做晶胞图时都有，明明分子中有两个氯为什么只出来一个？还有就是要想找到合适的氯然后在xp中作出有两个氯的分子图，怎么做？另外，你看ins文件中为什么只有一个c1只有一个cl1？万分感谢！ cif检测时的图形 http://www.namipan.com/d/platon_ ... 7fd9ad7f88dd6540000 |
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2楼2009-09-18 10:17:20
文言文
铁杆木虫 (著名写手)
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请教您（monoclinic）
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感谢您的回帖，麻烦您详细介绍一下，我把他们的环境中找到的对称操作码上传都纳米盘了，谢谢！ http://www.namipan.com/d/%e7%8e% ... 5c59568b48f168a0200 [ Last edited by 文言文 on 2009-9-18 at 10:47 ] |
3楼2009-09-18 10:45:21
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paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 9-18 21:15
文言文(金币+2,VIP+0):我试试看，谢谢您！ 9-18 22:21
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 9-18 21:15
文言文(金币+2,VIP+0):我试试看，谢谢您！ 9-18 22:21
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按照你目前的解析，另一个CL在（1.40729，0.91993，0.67045）的位置上。 事实上现在的CL位置定的也不合适，正好与第二个CL换了一个位置。 1. 把当前的CL按 ( 2-x, 1-y, 1-z， 也就是上面提到的那个座标 ) 变换到新的位置（为的是与阳离子位置匹配）。 2. 整个分子也包括CL 向 -a方向移动 0.5，让分子落到晶胞框里面 （指令： MOVE -0.5 0 0 ） 3. 修正后打开res文件，删掉MOVE指令行和END以后的全部行，然后另存为同名ins文件，再修正。 [ Last edited by monoclinic on 2009-9-18 at 21:26 ] |
4楼2009-09-18 15:40:57