应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP并行效率太慢
101/1返回列表
查看: 1566  |  回复: 9
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者sin81将赠送您 10 个金币

sin81

金虫 (正式写手)

[求助] VASP并行效率太慢已有4人参与

新编译的vasp5.4 并行运算速度很慢。服务器cpu是： Intel(R) Xeon(R）Gold 8375C 2.90GHz,Turbo 3.50GHz，内存96G。与另外一台服务器，配置为：Intel(R) Xeon(R) E5-2640 v3 @ 2.60GHz， 96G内存的对比，原子数少的体系，所耗时间大概是2-3倍，原子数多的，就更慢，大概在15-20倍。请问这是怎么回事？

请问，这种问题可能的原因是什么？是服务器配置占主要还是编译VASP的过程占主要？比如用的编译的的数学库的问题？

编译用的Intel2016， 用的是mpiifort编译的。
老的服务器：
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼2023-01-29 08:52:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

大懒猫王浩

金虫 (著名写手)

学渣
看有没有可能是节点间通讯问题。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

sin81
一步一步往上走，，，，
2楼2023-01-29 13:17:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sin81

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 大懒猫王浩 at 2023-01-29 13:17:56
看有没有可能是节点间通讯问题。

请问如何查看？
回复此楼
3楼2023-01-30 10:32:17
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
1、如果你是单节点计算的话，按道理不会是节点通讯问题。
2、看看NCORE或者NPAR设置是否合适，以及计算每个核心负载情况（top命令看看）。
4、看看输出文件OUTCAR的信息是否是真的在mpi并行，还是mpi同时做了多个相同的计算。
3、96核心并行效率是会下降一些，也不至于这么多。
赞一下(2人) 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2023-01-31 18:32:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyikeco

木虫 (正式写手)

newbie

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
- restart the server
- recompile VASP
- restart the server
- start VASP
赞一下 回复此楼
5楼2023-02-01 00:48:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.

【答案】应助回帖

FLAFG 设置的话  8375C可以试试AVX512
赞一下 回复此楼
路漫漫其修远兮
6楼2023-02-02 22:17:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sin81

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hs0218 at 2023-02-02 22:17:04
FLAFG 设置的话  8375C可以试试AVX512

请问在哪儿设置？
赞一下 回复此楼
7楼2023-02-04 18:42:37
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rlafite

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by sin81 at 2023-02-04 18:42:37
请问在哪儿设置？...

Compilers        Flags for Knights Landing (KNL)        Flags for Skylake (SKX)
Intel icc or ifort        -O3 -xMIC-AVX512        -O3 -xCORE-AVX512 -qopt-zmm-usage=high
GNU gcc or gfortran        -O3 -march=knl        -O3 -march=skylake-avx512
赞一下 回复此楼
8楼2023-02-06 00:05:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sin81

金虫 (正式写手)
感谢各位大佬的帮忙和建议。问题解决了。是内存的问题。重新插拔了一下，发现有一个通道有问题。那个内存通道可能是插槽坏了，因为更换内存条也是不识别。拔掉那个通道的内存条，速度就提升上来了。缺憾是少了一个内存通道，两条，内存总量较低了。但速度还行。大多数不吃内存的计算都没问题。
赞一下 回复此楼
9楼2023-02-09 10:00:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by sin81 at 2023-02-09 10:00:56
感谢各位大佬的帮忙和建议。问题解决了。是内存的问题。重新插拔了一下，发现有一个通道有问题。那个内存通道可能是插槽坏了，因为更换内存条也是不识别。拔掉那个通道的内存条，速度就提升上来了。缺憾是少了一个内 ...

两颗gold cpu配置12条内存，速度更佳
赞一下 回复此楼
10楼2023-02-09 18:50:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sin81 的主题更新
101/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭