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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP并行效率太慢
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sin81

金虫 (正式写手)

[求助] VASP并行效率太慢 已有4人参与

新编译的vasp5.4 并行运算速度很慢。服务器cpu是： Intel(R) Xeon(R）Gold 8375C 2.90GHz,Turbo 3.50GHz，内存96G。与另外一台服务器，配置为：Intel(R) Xeon(R) E5-2640 v3 @ 2.60GHz， 96G内存的对比，原子数少的体系，所耗时间大概是2-3倍，原子数多的，就更慢，大概在15-20倍。请问这是怎么回事？

请问，这种问题可能的原因是什么？是服务器配置占主要还是编译VASP的过程占主要？比如用的编译的的数学库的问题？

编译用的Intel2016， 用的是mpiifort编译的。
老的服务器：
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1楼 2023-01-29 08:52:13
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大懒猫王浩

金虫 (著名写手)

学渣
看有没有可能是节点间通讯问题。

发自小木虫Android客户端
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

sin81
一步一步往上走，，，，
2楼2023-01-29 13:17:56
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sin81

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 大懒猫王浩 at 2023-01-29 13:17:56
看有没有可能是节点间通讯问题。

请问如何查看？
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3楼2023-01-30 10:32:17
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
1、如果你是单节点计算的话，按道理不会是节点通讯问题。
2、看看NCORE或者NPAR设置是否合适，以及计算每个核心负载情况（top命令看看）。
4、看看输出文件OUTCAR的信息是否是真的在mpi并行，还是mpi同时做了多个相同的计算。
3、96核心并行效率是会下降一些，也不至于这么多。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2023-01-31 18:32:30
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wangyikeco

木虫 (正式写手)

newbie

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
- restart the server
- recompile VASP
- restart the server
- start VASP
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5楼2023-02-01 00:48:09
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hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.

【答案】应助回帖

FLAFG 设置的话  8375C可以试试AVX512
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路漫漫其修远兮
6楼2023-02-02 22:17:04
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sin81

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hs0218 at 2023-02-02 22:17:04
FLAFG 设置的话  8375C可以试试AVX512

请问在哪儿设置？
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7楼2023-02-04 18:42:37
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rlafite

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by sin81 at 2023-02-04 18:42:37
请问在哪儿设置？...

Compilers        Flags for Knights Landing (KNL)        Flags for Skylake (SKX)
Intel icc or ifort        -O3 -xMIC-AVX512        -O3 -xCORE-AVX512 -qopt-zmm-usage=high
GNU gcc or gfortran        -O3 -march=knl        -O3 -march=skylake-avx512
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8楼2023-02-06 00:05:25
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sin81

金虫 (正式写手)
感谢各位大佬的帮忙和建议。问题解决了。是内存的问题。重新插拔了一下，发现有一个通道有问题。那个内存通道可能是插槽坏了，因为更换内存条也是不识别。拔掉那个通道的内存条，速度就提升上来了。缺憾是少了一个内存通道，两条，内存总量较低了。但速度还行。大多数不吃内存的计算都没问题。
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9楼2023-02-09 10:00:56
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by sin81 at 2023-02-09 10:00:56
感谢各位大佬的帮忙和建议。问题解决了。是内存的问题。重新插拔了一下，发现有一个通道有问题。那个内存通道可能是插槽坏了，因为更换内存条也是不识别。拔掉那个通道的内存条，速度就提升上来了。缺憾是少了一个内 ...

两颗gold cpu配置12条内存，速度更佳
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10楼2023-02-09 18:50:00
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