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紫色雅典娜

木虫 (著名写手)


[资源] 【资源】固定模型中的部分原子的方法

是从高斯群里对话整理而来,归功于妞妞!若有幸她能看到的话,我将所得全部金币赠给她!看不到的话,就归我了,哈哈……还请大家积极评分!

sunny(40181291) 15:11:18
我在网上没有找到固定模型中的部分原子的方法,所以到这里来请教各位,谁能给我说一下?

小乐呵妞妞(632715412) 15:13:34
在分子说明后空行
要固定原子的序号 F

sunny(40181291) 15:13:57


sunny(40181291) 15:14:05
我试下

sunny(40181291) 16:17:40
想问下直接用view怎么固定原子啊?

sunny(40181291) 16:19:43
怎么操作

川大---信仰(826030268) 16:20:24
选项中选择FIXED
  
sunny(40181291) 16:21:36
比方说A-B的键长,只能fix一个啊

sunny(40181291) 16:21:49
如果两个都固定就不行了吧

川大---信仰(826030268) 16:22:22
你想改键长都固定了怎么改啊!晕!

sunny(40181291) 16:22:45
固定健长

sunny(40181291) 16:22:53
两个原子都固定

川大---信仰(826030268) 16:23:11
那就选择键角了撒

小乐呵妞妞(632715412) 16:23:37
edit-redundant ...好像是这个,可以固定键长,键角,二面角,想固定哪个固定哪个

川大---信仰(826030268) 16:23:41
你不可能把每个原子都固定的,

川大---信仰(826030268) 16:24:12
什么好东东,给我传一个吧

sunny(40181291) 16:24:21
周边的原子固定,核心的原子优化

小乐呵妞妞(632715412) 16:24:40
就是在Gv中固定,我记不清了,好像是这个的

sunny(40181291) 16:25:37
嗯 有说可以的 但是我不会操作,我不知道是不是你说的那样,在设健长和键角的时候fixed

川大---信仰(826030268) 16:25:38
GV中能做优化吗?你用的什么版本啊?

sunny(40181291) 16:26:16
GV固定原子的操作,不可能做优化的

小乐呵妞妞(632715412) 16:26:23
GV只能建结构的,sunny不是在建结构的时候要固定原子吗

川大---信仰(826030268) 16:26:43
那你说的嘛!核心原子优化

sunny(40181291) 16:27:02
妞妞说的是我的意思

川大---信仰(826030268) 16:27:11
明白
sunny(40181291) 16:27:36
这个问题已经困惑了我好久了  

川大---信仰(826030268) 16:27:46
这个真没有弄过,我听听高手的意见

小乐呵妞妞(632715412) 16:28:14
我刚才告诉你的路径,你从GV中进取看看

sunny(40181291) 16:28:38
我试过,但是gjf文件没发现区别

小乐呵妞妞(632715412) 16:28:44
里面就有几个选项,你先建一个简单的结构试一下就知道了

sunny(40181291) 16:29:47
在分子说明后空行
要固定原子的序号 F 这个是你刚才说的

小乐呵妞妞(632715412) 16:29:52
要在里面选好你要固定的原子,或者键长等,然后选Freeze coordinate就固定了

小乐呵妞妞(632715412) 16:29:59
是的

sunny(40181291) 16:30:03
我看了下高斯手册是有这个命令

sunny(40181291) 16:30:28
但是我的gjf文件里面原子没序号啊

小乐呵妞妞(632715412) 16:30:38
那个是自己在gjf文件后加的命令,适用于固定少数几个原子,如果固定的原子太多者格就麻烦了

sunny(40181291) 16:30:51
哦 这样啊

小乐呵妞妞(632715412) 16:31:10
序号可以从GV打开你的gjf文件来看啊

小乐呵妞妞(632715412) 16:31:30
右键-view-lable就能看了

小乐呵妞妞(632715412) 16:31:51
看好固定的原子的序号,按我上面的方法,就行了

小乐呵妞妞(632715412) 16:32:16
这次够详细了吧,呵呵

sunny(40181291) 16:32:48
好的 谢谢 我试下

sunny(40181291) 16:33:38
刚才你说的那个Freeze coordinate在哪里啊?还是要写进gjf啊?

小乐呵妞妞(632715412) 16:37:19
你按照我说的路径来
打开GV-打开gjf文件——edit——redundant coordinate——
在里面add你要固定的键长键角——在最下面的可选框中点下拉菜单
就看到Freeze coordinate了
这些地方自己随便点点就能找到的,我给你把路径敲出来了,
你自己多试试吧,自己建一个结构随便点就慢慢找到了

小乐呵妞妞(632715412) 16:39:04
说明一点,上面的GV中点选得方法和我说的在分子说明行后自己
添加是两种等价的固定原子的方法,选其中一种既可

sunny(40181291) 16:40:41
好的 十分感谢

[ Last edited by 紫色雅典娜 on 2009-9-17 at 10:22 ]
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erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢! 9-17 22:03
感谢坚强温柔的雅典娜·纱织小姐整理群发言
不足之处:无关话语太多。精炼些吧!
参看http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1408125

我已经退群了好久了。上次我整理群发言,已经是6月27号了,从6.28到今天,又过了2个多月了。呵呵,你帮忙整理这两个多月的发言好吗?金币大大的有!

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-17 at 22:16 ]
2楼2009-09-17 11:04:51
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★ 一星级,一般

erylingjet(金币+0,VIP+0):版规,老大 9-17 22:03
学习中

[ Last edited by loovfnd on 2009-9-17 at 23:13 ]
3楼2009-09-17 11:36:42
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kkou

铜虫 (正式写手)



erylingjet(金币+1,VIP+0):欢迎常来! 9-17 22:02
,内容太多了。
4楼2009-09-17 18:33:56
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zlding

木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵妞妞来啦~~~,sunny在这里叫紫色雅典娜~~~。很不幸被我看到了哈哈,不过别紧张呵呵,我不要你的金币,所得金币都归你。
你就接受小卒曾经做过的光荣而艰巨的任务吧。呵呵,愿大家一起进步!

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-18 at 10:46 ]
5楼2009-09-18 08:56:50
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