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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » R » 如何利用一个FPKM表达矩阵构建一个SummarizedExperiment对象
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 如何利用一个FPKM表达矩阵构建一个SummarizedExperiment对象 已有1人参与

我有转录组测序的基因表达数据集，行为基因名称，列为样品名称及表达数据FPKM值。因为BioNERO package要求使用使用SummarizedExperiment对象。bioconductor上的具体介绍如下
https://bioconductor.org/package ... izedExperiment.html
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追梦的人
1楼 2022-12-18 11:53:48
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qqloving

铁虫 (著名写手)
FPKM基本上不能用于分析了，没啥意义

发自小木虫IOS客户端
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2楼2022-12-21 14:14:44
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llkshxp

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

library(SingleCellExperiment)
dt=read.table("你的fpkm文件",h=T,r=1) #导入你的fpkm矩阵，可根据文件形式修改分隔符sep=""
sce=SummarizedExperiment(assays=list(fpkm=dt)) #sce为你要的对象
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3楼2023-06-25 16:21:46
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