应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » R » 如何利用一个FPKM表达矩阵构建一个SummarizedExperiment对象
31/1返回列表
查看: 1589  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者zxd95将赠送您 1000 个金币

zxd95

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 如何利用一个FPKM表达矩阵构建一个SummarizedExperiment对象 已有1人参与

我有转录组测序的基因表达数据集，行为基因名称，列为样品名称及表达数据FPKM值。因为BioNERO package要求使用使用SummarizedExperiment对象。bioconductor上的具体介绍如下
https://bioconductor.org/package ... izedExperiment.html
回复此楼

» 猜你喜欢
追梦的人
1楼 2022-12-18 11:53:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqloving

铁虫 (著名写手)
FPKM基本上不能用于分析了，没啥意义

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
2楼2022-12-21 14:14:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

llkshxp

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

library(SingleCellExperiment)
dt=read.table("你的fpkm文件",h=T,r=1) #导入你的fpkm矩阵，可根据文件形式修改分隔符sep=""
sce=SummarizedExperiment(assays=list(fpkm=dt)) #sce为你要的对象
赞一下 回复此楼
3楼2023-06-25 16:21:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zxd95 的主题更新
31/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +38 医学老男孩 2026-08-13 89/4450 2026-08-18 08:27 by 医学老男孩
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +4 基诺咪客 2026-08-17 5/250 2026-08-18 08:03 by 基诺咪客
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭