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吴大为

至尊木虫 (著名写手)

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[交流] 【整理】Linux的csh安装g03（linda）并行计算的实现

经过几天的尝试，我的gaussian03（c02+linda7.1）并行计算终于成功了。把相关设置整理出来，希望各位Linux高手多多指教。
下面就是安装整个并行系统的过程：
一：基本介绍    我有两台Pentium4.0（3.00ghz)的台式机, 每台上都配备有cd/dvd光驱。
二：安装操作系统    我安装的是RedHat8.0（2.1.18-14）的Linux，安装过程中要注意的是要装上rlogin，rsh，rexec，telnet服务，还有一些编译器等。为了省事我用的是完全安装，具体安装过程不多说。安装完成之后新建一用户gaussian，这是我进行计算的用户，密码为gaussian。
三：安装gaussian03 我用的gaussian03软件，其压缩包自带了已经编译好的linda7.1软件包。具体过程如下：
1、将g03光盘放入cdrom，电脑自动挂载光驱到/mnt/cdrom目录下。
如果没有自动挂载，可以输入命令”mount /dev/cdrom  /mnt/cdrom"实现。双击桌面的CDROM图标，打开其中的README.binary ,可以看到安装的步骤。
如果没有linda，可以从http://www.lindaspaces.com下载，然后放到一个目录，如 /用户名/lin,执行如下命令：
      cd /用户名/lin
      tar -xvf linda7.1.tar #这是压缩包名称
      cd linda7.1
      command/bin/install-pkg
2、新建终端，输入
   cat /mnt/cdrom/tar/*.taz  |  zcat | tar  xvf  -
等待机器读入文件。
3、输入
   cd g03
   ./bsd/install
g03即开始安装。
4、在/home/gaussian目录下新建一个scrdir文件夹(目录)。
5、设置环境变量    在/home/gaussian/.cshrc文件中加入如下内容
   setenv g03root “/home/gaussian/"
   setenv GAUSS_SCRDIR  "/home/gaussian/"
   source $g03root/g03/bsd/g03.login
6、为实现linda并行计算，还需要在/home/gaussian/.cshrc文件中添加
   if （！（$?LD_LIBRARY_PATH))then
            setenv    LD_LIBRARY_PATH    /home/gaussian/g03
   endif
四：操作系统rlogin环境设置    这是很重要的一步，最终目标就是在控制台中输入rlogin  nodeN或rsh  nodeN就可以直接登陆到主机名为nodeN的计算机上。具体设置如下：
1、所有节点机的用户名和密码必须相同，而且不能是root用户。如：我的用户名是gaussian，密码是gaussian。
2、所有节点机上的g03和linda必须安装在相同的目录下。
3、/etc/hosts中包括所有节点机的IP和主机名，格式是
   IP    主机名
   例如，我写的是
   192.168.0.101    node1
   192.168.0.102    node2
（我有两个节点机，主机名分别为node1和node2。要删除127.0.0.1这一行）
4、在/etc/hosts.equiv中写入节点主机名
   node1
   node2
5、在/home/gaussian/.rhosts中写入与/etc/hosts.equiv相同的内容。
6、在/etc/securetty文件中写入
   rlogin
   rsh
   rexec
7、修改/etc/hosts.conf如下
   order  bind,hosts
   multi  on
8、修改/etc/xinetd.d/rsh,将”disable=yes“改为”disable=no“，并重启rsh和rlogin服务。配置到此可以试一下看能不能无密码登陆别的节点，使用命令：rsh  node1/2(or rlogin node1/2)看能否无密码登陆各个节点，注意不能是root用户。
9、设制linda
在/home/gaussian/.tsnet.config中输入所有节点机名，格式与/etc/hosts.equiv一样。
10、设置计算节点
在/home/gaussian下新建一个文件tsnet.nodes，其内容与 /etc/hosts.equiv一样。
五、试运行
1、在/home/gaussian下新建一个目录u
2、将/home/gaussian/g03/tests/com/test618.com复制到/home/gaussian/u下。用vi打开/home/gaussian/u/test543.com,在开头的"%chk=test543"下添加一行”%NProcLinda=2"，然后保存文件。
3、打开一个终端，输入
   g03l    ./u/test543.com ./u/test543.log
在本地机器上出现迭代求解自洽场（1502.exel）后，在其他的机器上查看此进程：
   top
在出现进程列表后，可以按住shift键同时按a键在回车，将进程按age排序，方便查看。

好，基本设置到此结束。有不到之处还望各位大侠不吝赐教。

[ Last edited by 吴大为 on 2009-11-13 at 10:21 ]

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