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吴大为至尊木虫 (著名写手)
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【整理】Linux的csh安装g03（linda）并行计算的实现
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经过几天的尝试，我的gaussian03（c02+linda7.1）并行计算终于成功了。把相关设置整理出来，希望各位Linux高手多多指教。 下面就是安装整个并行系统的过程： 一：基本介绍 我有两台Pentium4.0（3.00ghz)的台式机, 每台上都配备有cd/dvd光驱。 二：安装操作系统 我安装的是RedHat8.0（2.1.18-14）的Linux，安装过程中要注意的是要装上rlogin，rsh，rexec，telnet服务，还有一些编译器等。为了省事我用的是完全安装，具体安装过程不多说。安装完成之后新建一用户gaussian，这是我进行计算的用户，密码为gaussian。 三：安装gaussian03 我用的gaussian03软件，其压缩包自带了已经编译好的linda7.1软件包。具体过程如下： 1、将g03光盘放入cdrom，电脑自动挂载光驱到/mnt/cdrom目录下。 如果没有自动挂载，可以输入命令”mount /dev/cdrom /mnt/cdrom"实现。双击桌面的CDROM图标，打开其中的README.binary ,可以看到安装的步骤。 如果没有linda，可以从http://www.lindaspaces.com下载，然后放到一个目录，如 /用户名/lin,执行如下命令： cd /用户名/lin tar -xvf linda7.1.tar #这是压缩包名称 cd linda7.1 command/bin/install-pkg 2、新建终端，输入 cat /mnt/cdrom/tar/*.taz | zcat | tar xvf - 等待机器读入文件。 3、输入 cd g03 ./bsd/install g03即开始安装。 4、在/home/gaussian目录下新建一个scrdir文件夹(目录)。 5、设置环境变量 在/home/gaussian/.cshrc文件中加入如下内容 setenv g03root “/home/gaussian/" setenv GAUSS_SCRDIR "/home/gaussian/" source $g03root/g03/bsd/g03.login 6、为实现linda并行计算，还需要在/home/gaussian/.cshrc文件中添加 if （！（$?LD_LIBRARY_PATH))then setenv LD_LIBRARY_PATH /home/gaussian/g03 endif 四：操作系统rlogin环境设置 这是很重要的一步，最终目标就是在控制台中输入rlogin nodeN或rsh nodeN就可以直接登陆到主机名为nodeN的计算机上。具体设置如下： 1、所有节点机的用户名和密码必须相同，而且不能是root用户。如：我的用户名是gaussian，密码是gaussian。 2、所有节点机上的g03和linda必须安装在相同的目录下。 3、/etc/hosts中包括所有节点机的IP和主机名，格式是 IP 主机名 例如，我写的是 192.168.0.101 node1 192.168.0.102 node2 （我有两个节点机，主机名分别为node1和node2。要删除127.0.0.1这一行） 4、在/etc/hosts.equiv中写入节点主机名 node1 node2 5、在/home/gaussian/.rhosts中写入与/etc/hosts.equiv相同的内容。 6、在/etc/securetty文件中写入 rlogin rsh rexec 7、修改/etc/hosts.conf如下 order bind,hosts multi on 8、修改/etc/xinetd.d/rsh,将”disable=yes“改为”disable=no“，并重启rsh和rlogin服务。配置到此可以试一下看能不能无密码登陆别的节点，使用命令：rsh node1/2(or rlogin node1/2)看能否无密码登陆各个节点，注意不能是root用户。 9、设制linda 在/home/gaussian/.tsnet.config中输入所有节点机名，格式与/etc/hosts.equiv一样。 10、设置计算节点 在/home/gaussian下新建一个文件tsnet.nodes，其内容与 /etc/hosts.equiv一样。 五、试运行 1、在/home/gaussian下新建一个目录u 2、将/home/gaussian/g03/tests/com/test618.com复制到/home/gaussian/u下。用vi打开/home/gaussian/u/test543.com,在开头的"%chk=test543"下添加一行”%NProcLinda=2"，然后保存文件。 3、打开一个终端，输入 g03l ./u/test543.com ./u/test543.log 在本地机器上出现迭代求解自洽场（1502.exel）后，在其他的机器上查看此进程： top 在出现进程列表后，可以按住shift键同时按a键在回车，将进程按age排序，方便查看。 好，基本设置到此结束。有不到之处还望各位大侠不吝赐教。 [ Last edited by 吴大为 on 2009-11-13 at 10:21 ] |
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