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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 指令加了，不起作用？
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今天9088

金虫 (小有名气)

[交流] 指令加了，不起作用？

各位虫友，大家好。我再晶体解析中遇到以下问题，请各位虫友帮忙解决一下。谢谢大家！
PLAT432_ALERT_2_A Short Inter X...Y Contact  O4     ..  C19     ..       2.39 Ang.
PLAT432_ALERT_2_A Short Inter X...Y Contact  O4     ..  C19'    ..       2.58 Ang.
PLAT432_ALERT_2_A Short Inter X...Y Contact  C18'   ..  C20     ..       2.88 Ang.
PLAT331_ALERT_2_B Small Average Phenyl   C-C Dist. C3     -C8            1.35 Ang.
第一二三，这三个错误，我分别在ins 文件中加了一下指令：dfix 2.69 0.01 O4 C19 ,dfix 2.89 0.01 O4 C19',dfix 3.18 0.01 C18' C20,（这些原子都是独立单元因此不用加堆成操作码）后还是没有变这是为什么呢？还有第四个错误 我加了 dfix 1.38 0.01 C3 C4 C4 C5 C5 C6 C6 C7 C7 C8 C8 C3 错误还是去不掉，这是问什么？难道指令加的有问题吗？
另外以下两个错误如何修改
PLAT057_ALERT_3_B Correction for Absorption Required   RT(exp) ...       1.21      
PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) ...       4.64 Ratio
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从零开始奋斗！
1楼 2009-09-15 08:16:29
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xiaoyang09

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
今天9088(金币+2,VIP+0):如何检查下这个距离太近是不是两个原子并不是在同一个不对称单元？ 9-15 08:55
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢参与 9-15 09:21
前三个错误，请你检查下这个距离太近是不是两个原子并不是在同一个不对称单元，我碰到一回是用挪晶胞解决的。至于下面两个问题，第一个我不太确定，可能是少加了消光系数，检查你的cif是否少填了，如果没有在ins中加exti，最后一个建议用eadp把C的温度因子改好一点，实在改不了，可能解释一下编辑也可以接受。。。。。
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定云止水，鸢飞鱼跃
2楼2009-09-15 08:34:21
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dazhang

金虫 (正式写手)
★ ★
今天9088(金币+1,VIP+0):谢谢，这个问题已经解决了。 9-15 09:15
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢参与 9-15 09:21
Correction for Absorption Required   RT(exp) ...       1.21
_exptl_absorpt_correction_T_min   
_exptl_absorpt_correction_T_max 后面的数没有填好 Check后填了就好了
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3楼2009-09-15 09:03:17
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by xiaoyang09 at 2009-9-15 08:34:
前三个错误，请你检查下这个距离太近是不是两个原子并不是在同一个不对称单元，我碰到一回是用挪晶胞解决的。至于下面两个问题，第一个我不太确定，可能是少加了消光系数，检查你的cif是否少填了，如果没有在ins中 ...

请问挪晶胞的具体操作是什么，谢谢
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4楼2009-09-15 09:15:00
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xiaoyang09

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
今天9088(金币+2,VIP+0):这三个错误中的原子都是对称操作码都是1555，这个怎么挪，您具体指点一下，谢谢！ 9-15 09:33
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢参与 9-15 16:28
要检查是不是同一个不对称单元，你在xp里envi看一下就好了啊，在不对称单元，如果和提示距离相同的原子对称代码1555，那就是同一个不对称单元中的，如果不是，就是对称操作产生的，挪一下
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定云止水，鸢飞鱼跃
5楼2009-09-15 09:19:38
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dazhang

金虫 (正式写手)
xiaoyang09
呵呵 请教一下
我有一个晶体也有类似的现象 刚刚试了一下 用move将其挪动了 可两个c7原子间的距离没有改动啊  该怎样处理呢
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6楼2009-09-15 09:44:05
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xiaoyang09

木虫 (正式写手)
★
今天9088(金币+1,VIP+0):感谢你的热心帮助！ 9-15 15:20
引用回帖:
Originally posted by dazhang at 2009-9-15 09:44:
xiaoyang09
呵呵 请教一下
我有一个晶体也有类似的现象 刚刚试了一下 用move将其挪动了 可两个c7原子间的距离没有改动啊  该怎样处理呢

请教不敢，可能我们的情况不太一样，上回我的问题是游离水分子和骨架的距离太近，距离不合理导致氢键也不合理，后来挪了。你说的两个C7原子大概是对称关联的，不知道你试过ins里加eqiv定义对称操作，然后dfix c7， c7——对称操作这个办法没有？除了这个，我暂时没有其他的经验。。。。
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定云止水，鸢飞鱼跃
7楼2009-09-15 10:17:29
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棉中藏刺

银虫 (小有名气)
★
今天9088(金币+1,VIP+0):是不是无序部分拆分不太合理，或是解析时无序部分命令没加够 ？这个怎么看？具体些谢谢！ 9-15 15:20
是不是无序部分拆分不太合理，或是解析时无序部分命令没加够？我也不太明白！
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8楼2009-09-15 12:20:32
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