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liangab_234620木虫 (小有名气)
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【分享】Vasp5.2编译碰到p4_error: interrupt SIGSEGV: 11的解决方法
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课题组升级VASP5.2今天终于到了，感觉没想像中那么多惊喜，虽然多了很多模块，不过没有想像中的声子谱计算（看来还得继续PWSCF之旅啊）。 下午尝试了编译了一下，首先对照了VASP4.6和5.2的PGI的makefile，发现几乎没什么改动，于是就按着以前的老路编译。由于很久没有碰那些编译器感觉很多顺手，编译之中没有大的毛病，第一次出问题是编译到最后生成VASP可执行文件时报错： mymath.o(.text+0xf88): In function `mymath_svdvalvec_': : undefined reference to `dgebrd_' mymath.o(.text+0x1037): In function `mymath_svdvalvec_': : undefined reference to `dorgbr_' mymath.o(.text+0x1083): In function `mymath_svdvalvec_': : undefined reference to `dorgbr_' mymath.o(.text+0x10ed): In function `mymath_svdvalvec_': : undefined reference to `dbdsqr_' 这个折腾了一会，最后GOOGLE查到VASP老家的论坛，刚好有人问了这个问题，结果发现是链接错了VASP.5.LIB 然后找到makefile下， # LAPACK, simplest use vasp.5.lib/lapack_double #LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o # use atlas optimized part of lapack LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_atlas.o -llapack -lcblas 将其改成 # LAPACK, simplest use vasp.5.lib/lapack_double LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o # use atlas optimized part of lapack #LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_atlas.o -llapack -lcblas 改完之后，顺利并行编译完，结果做一个测试就出问题了，运行VASP读文件都可以，可到进入运算时就出现p4_error: interrupt SIGSEGV: 11 这个问题上次编译时PWSCF时也出现过，最后忘了怎么解决，于是GOOGLE 结果出来候柱峰博士的一个方案 【在并行作业中可能会遇到"p1_xxxxx: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11"的错误，而且作业会停止。 这个错误可能是因为某个进程中出现了段错误引起的,出现了 illegally read/write not-owned memory location的情况。解决的一种办法是：如果内存容量比较大，通过设置环境变量P4_GLOBMEMSIZE 增加其值，比如： export P4_GLOBMEMSIZE=536870912增加到使用512M的内存。】 按照这个改了，结果还是不行。 好了，不卖关子，最后发现是数据长度的问题， 这是由于编译MPI自动识别的整数型长度是4位的，而我在编译VASP.5.LIB时没有删掉PGF后面的-i8选项，结果两边冲突，导致内存故障报错。 重新编译VASP.5.LIB，然后编译VASP，测试成功，继续加入VTSTOOLS，一个下午就这么耗了。。。。。。。。。。 |
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