24小时热门版块排行榜

返回列表

当前主题已经存档。

liangab_234620

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1341.2
红花: 2
帖子: 131
在线: 145.5小时
虫号: 461188
注册: 2007-11-18
性别: GG
专业: 金属材料的力学行为

[交流] 【分享】Vasp5.2编译碰到p4_error: interrupt SIGSEGV: 11的解决方法

课题组升级VASP5.2今天终于到了，感觉没想像中那么多惊喜，虽然多了很多模块，不过没有想像中的声子谱计算（看来还得继续PWSCF之旅啊）。
下午尝试了编译了一下，首先对照了VASP4.6和5.2的PGI的makefile，发现几乎没什么改动，于是就按着以前的老路编译。由于很久没有碰那些编译器感觉很多顺手，编译之中没有大的毛病，第一次出问题是编译到最后生成VASP可执行文件时报错：
mymath.o(.text+0xf88): In function `mymath_svdvalvec_':
: undefined reference to `dgebrd_'
mymath.o(.text+0x1037): In function `mymath_svdvalvec_':
: undefined reference to `dorgbr_'
mymath.o(.text+0x1083): In function `mymath_svdvalvec_':
: undefined reference to `dorgbr_'
mymath.o(.text+0x10ed): In function `mymath_svdvalvec_':
: undefined reference to `dbdsqr_'
这个折腾了一会，最后GOOGLE查到VASP老家的论坛，刚好有人问了这个问题，结果发现是链接错了VASP.5.LIB
然后找到makefile下，
# LAPACK, simplest use vasp.5.lib/lapack_double
#LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o

# use atlas optimized part of lapack
LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_atlas.o -llapack -lcblas
将其改成

# LAPACK, simplest use vasp.5.lib/lapack_double
LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o

# use atlas optimized part of lapack
#LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_atlas.o -llapack -lcblas

改完之后，顺利并行编译完，结果做一个测试就出问题了，运行VASP读文件都可以，可到进入运算时就出现p4_error: interrupt SIGSEGV: 11
这个问题上次编译时PWSCF时也出现过，最后忘了怎么解决，于是GOOGLE
结果出来候柱峰博士的一个方案
【在并行作业中可能会遇到"p1_xxxxx: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11"的错误，而且作业会停止。这个错误可能是因为某个进程中出现了段错误引起的,出现了 illegally read/write not-owned memory location的情况。解决的一种办法是：如果内存容量比较大，通过设置环境变量P4_GLOBMEMSIZE 增加其值，比如：
export P4_GLOBMEMSIZE=536870912增加到使用512M的内存。】

按照这个改了，结果还是不行。

好了，不卖关子，最后发现是数据长度的问题，
这是由于编译MPI自动识别的整数型长度是4位的，而我在编译VASP.5.LIB时没有删掉PGF后面的-i8选项，结果两边冲突，导致内存故障报错。
重新编译VASP.5.LIB，然后编译VASP，测试成功，继续加入VTSTOOLS，一个下午就这么耗了。。。。。。。。。。

回复此楼