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chemicalbiology

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求教一下多肽与受体对接时多肽结构如何模拟呀

请教各位高手,我有一些候选的多肽,大约10个氨基酸残基左右,想使用Autodock看它们与已知晶体结构的受体的对接情况,请问如何模拟这些多肽的结构呢?有没有比较好用、又能发文章被承认的免费软件呢?chemoffice中的MM2和MOPAC行吗?我以前没有接触过模拟方面的东西,还望各位高手多多指教!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:04 ]
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-15 14:23
很难,如果是四个氨基酸的环肽,也许相对容易些。10个氨基酸,柔性健太多了,很难达到你的目标。

Gaussion03也许能做到,我没做过,但是感觉也许吧。。。

抛砖引玉。。。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
2楼2009-09-14 20:57:30
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 9-15 14:23
二楼说的环肽是否是Ghadiri 研究的DL交替环肽?
JACS. 2003, 125, 2756 好像推证过,至少要6个氨基酸才能closed。
3楼2009-09-14 21:32:32
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chemicalbiology

木虫 (正式写手)

Gaussian对计算机要求比较高吧,论坛里大家说的GROMACS和MOPAC能做到吗?
4楼2009-09-15 10:09:52
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