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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 计算均方位移数据问题
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名字太长了

新虫 (小有名气)

[求助] 计算均方位移数据问题

计算出来的均方位移数据纵坐标差别很大，文献是500ps对应40，我的达到了惊人的一千二，
用的forcite模块，电荷不同，吸附量是一样的，都是100m/u，力场一样，set的设置我检查了没有错，所以会是哪里出了问题，
希望可以帮忙解答一下，非常感谢

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1楼 2022-07-05 23:03:35
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名字太长了

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-07-06 18:59:50
1、你需要算扩散系数，不用管这些，看 https://zhuanlan.zhihu.com/p/511125224

2、MSD具体数值跟初始结构有关，你至少需要做3组，求平均

抱歉还有点问题，就是在forcite分析里边有直接算MSD的，我的结论是直接用的这个模块，它和per脚本出来的msd有差别嘛，如果您看到的话希望可以解答一下，感谢
计算均方位移数据问题



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4楼2022-07-08 20:14:41
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
1、你需要算扩散系数，不用管这些，看 https://zhuanlan.zhihu.com/p/511125224

2、MSD具体数值跟初始结构有关，你至少需要做3组，求平均
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分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2022-07-06 18:59:50
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名字太长了

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-07-06 18:59:50
1、你需要算扩散系数，不用管这些，看 https://zhuanlan.zhihu.com/p/511125224

2、MSD具体数值跟初始结构有关，你至少需要做3组，求平均

好的我去再算算，谢谢

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3楼2022-07-08 20:09:01
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 名字太长了 at 2022-07-08 20:14:41
抱歉还有点问题，就是在forcite分析里边有直接算MSD的，我的结论是直接用的这个模块，它和per脚本出来的msd有差别嘛，如果您看到的话希望可以解答一下，感谢

...

没差别
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名字太长了
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
5楼2022-07-08 20:47:41
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