24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1906  |  回复: 5
当前主题已经存档。

hjsjs

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】gaussian ONIOM 求助

Hi everyone,

I am trying to run an ONIOM calculation with B3LYP/6-31+G(d,p) as a high layer
and Amber as my low layer.  The error at the end of the file says I am missing
atomic parameters (see below for the last part of the calc file).  What are
these atomic parameters and where would I obtain them to get my calculation to
work?

Thanking You in Advance,
Sarah Whittleton
Mount Allison University

Th calcaultion dies almost immediatley and ends with:

I=  105 IAn= 15 Valence= 4.
          JB=  1 J=  106 IAn=  8 IBT= 1 Dist= 1.80D+00
          JB=  2 J=  107 IAn=  8 IBT= 2 Dist= 1.48D+00
          JB=  3 J=  171 IAn=  8 IBT= 1 Dist= 1.80D+00
          JB=  4 J=  104 IAn=  8 IBT= 2 Dist= 1.58D+00
Missing atomic parameters for atom   207 IAtTyp=    20000000
Missing atomic parameters.
Error termination via Lnk1e in /var/local/g03/l101.exe at Fri Nov  7 15:18:04
2003.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      7 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1
Scr=      1

我的问题与这个人的相同,这个人在某个论坛上发的求助贴,但是,没有人回应,我又碰到相同的问题了  哎, gjf文件是gaussview产生的,应该不会有问题吧,不知道问题出在哪里?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)


hjsjs(金币+1,VIP+0): 9-10 17:40
难道是分层没分好?猜的
2楼2009-09-10 09:14:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):呵呵,我同意的的说法——你猜的对! 9-10 12:27
hjsjs(金币+1,VIP+0): 9-10 17:40
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-10 19:02
MM方法一般没有通用性(指元素原子),不同的MM方法是针对特定体系制定的,也许你的计算体系包含了 Amber 不支持的元素原子(比如金属),乱猜的。
3楼2009-09-10 09:30:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hjsjs

铜虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):感谢您的辛劳 9-10 19:02
我查了不支持的原子是氢原子,就是DNA上的磷酸的-OH的氢原子,我又查了MM的原始论文,会不会是atom type有问题,比如氢原子的atom type有,H,HW,HO,HS,HA等等
4楼2009-09-10 17:49:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
loovfnd(金币+2,VIP+0):感谢答案! 9-10 20:40
hjsjs(金币+4,VIP+0): 9-11 23:26
Gview产生的也会有问题的。
你好好看看你这个原子,根据AMBER手册,把它的参数手动写到.gjf文件里边去就得了。

记住AMBER力场的参数在Gaussian里边是不全的。通常要自己加。
增加的方法有三种,以自己给的参数优先、默认参数优先、只读gjf文件里的参数
。方法在Gaussian手册里。
5楼2009-09-10 18:57:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-10 21:49
hjsjs(金币+3,VIP+0): 9-11 23:26
本帖内容被屏蔽

6楼2009-09-10 21:02:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hjsjs 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 315求调剂 +5 &123456789 2026-04-05 5/250 2026-04-05 19:55 by nepu_uu
[考研] 计算机11408,286分求调剂 +7 木子念晞 2026-04-05 7/350 2026-04-05 19:02 by chy09050039
[考研] 0703化学321分求调剂 +17 三dd. 2026-03-30 18/900 2026-04-05 18:07 by 蓝云思雨
[考研] 0703调剂 +11 拾玖壹 2026-04-04 12/600 2026-04-05 10:29 by 果冻大王
[考研] 083200 333求调剂 +3 十二!! 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:28 by barlinike
[考研] 材料科学与工程调剂 +19 深V宿舍吧 2026-03-30 20/1000 2026-04-04 22:13 by hemengdong
[考研] 333求调剂 +12 wfh030413@ 2026-04-03 13/650 2026-04-04 21:02 by jj987
[考研] 一志愿华南师范361分,化学求调剂 +7 Nicole88888 2026-04-01 7/350 2026-04-04 18:28 by macy2011
[考研] 321求调剂 +13 认真求上学 2026-04-02 13/650 2026-04-04 18:23 by macy2011
[考研] 280求调剂 +21 咕噜晓晓 2026-04-02 22/1100 2026-04-04 11:12 by 猪会飞
[考研] 265求调剂 +17 林深温澜 2026-04-01 20/1000 2026-04-04 01:09 by userper
[考研] 一志愿重庆大学085404,总分314分,求调剂 +4 zf83hn 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:25 by 啵啵啵0119
[考研] 070300一志愿211,312分求调剂院校 +16 小黄鸭宝 2026-03-30 16/800 2026-04-03 19:53 by lijunpoly
[考研] 327求调剂 +9 小卡不卡. 2026-03-29 9/450 2026-04-03 19:48 by 百灵童888
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-04-02 6/300 2026-04-03 10:19 by 蓝云思雨
[考研] 085600,320分求调剂 +6 大馋小子 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:54 by dongzh2009
[考研] 土木304求调剂 +6 兔突突突, 2026-03-31 7/350 2026-04-02 09:06 by coolminer
[考研] 070300化学279求调剂 +15 哈哈哈^_^ 2026-03-31 17/850 2026-04-01 21:37 by 给你你注意休息
[考研] 复试调剂 +7 双马尾痞老板2 2026-03-31 7/350 2026-03-31 19:49 by Dyhoer
[考研] 合肥区域性重点一本招收调剂 +4 6266jl 2026-03-30 8/400 2026-03-31 18:43 by 6266jl
信息提示
请填处理意见