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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock问题求助
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天不负者

新虫 (小有名气)
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autodock问题求助
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各位老师们好，我刚开始接触分子模拟，也没有前辈带，最近想重复一篇外文文献的对接结果，好几天没重复成功。文献参数run10次，generation number固定27000，分别改成evalution为short,medium,long，算法分别采用了GA和LGA。按着他的设定差别有点大，我改成了run50次，LGA的时候才能跟文献上GA的结合能差不多，过程中没有报错。所以想问问大家，是我的问题吗？如果蛋白质中有金属离子需要手动分配电荷吗？如果不是我的问题，一般run设置多大呢，generation number一般设置多大呢？

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1楼 2022-06-03 23:10:59
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巴拉巴拉莎

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好，请问您的分析对接跑出来了吗？我用autodock分析的时候，显示0处对接上，报错indexError:list index out of range是什么原因呀？

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16楼2022-06-27 10:35:40
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gordon3995楼
2022-06-03 23:23   回复  
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tzynew4楼
2022-06-03 23:21   回复  
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dingxiaojun11楼
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孟庆时2楼
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好孩子坏孩子9楼
2022-06-03 23:56   回复  
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chenhuanlong7楼
2022-06-03 23:47   回复  
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萤火虫之谷14楼
2022-06-04 01:07   回复  
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lyns121812楼
2022-06-04 00:11   回复  
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136072274013楼
2022-06-04 00:19   回复  
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fgmsyutong6楼
2022-06-03 23:44   回复  
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Serial10楼
2022-06-03 23:58   回复  
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zjw致青春8楼
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老北京冰棍3楼
2022-06-03 23:21   回复  
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