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edupeng

银虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】autodock与sybyl之比较

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              autodock                     sybyl
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费用          免费                         40万左右
版本          WINDOWS LINUX OX             WINDOWS LINUX的不好用
源代码        开放原代码 编译                不开放源代码,不可编译
来源          scrip                        trips公司
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sybyl公司有很多培训,但都是要交钱的。autodock的培训网上都有。
总而言之,sybyl和很多美国公司一样。将软件产品封装得很好。但是软件很好用。你们就会依赖它。慢慢的就丧失了自主创新能力。他买软件说多少钱就是多少钱。
autodock是scrip的一个研究小组开发的。开放性很强。很多东西需要你根据自己情况去调整。所以学起来比较难。但是用会了以后你能做出很多自己的东西。
总之,sybyl是典型的拿来主义产物。在中国浮躁的科研环境下很受用。管他多少钱,买来后点击几下,再做一些数据,文章就出来了。简直就是暴发户。所以文章中常常提到用sybyl来做药物设计。相反,autodock需要学编程。语句什么的。除文章慢阿。
幸好我不是异常渴求文章的在读博士硕士。也不是等着上位的老板。我只是一名普通的科研所的职工。完成老板任务以后什么都可以慢慢来。我准备慢慢来玩autodock。不为别的,就是爱好。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:56 ]
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

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yjcmwgk(金币+3,VIP+0):感谢分享心得体会 9-7 13:28
你咋比较的呢?autodock 与 sybyl 根本不具可比性啊,呵呵……

autodock 的功能也就是 sybyl 中一个模块,sybyl 的功能远非 autodock 所能提供的啊……

其实你说的也就是开源软件与商业软件之间的关系……
2楼2009-09-07 13:25:20
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wgpig

木虫 (小有名气)

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yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢分享心得体会 9-7 13:48
引用回帖:
Originally posted by edupeng at 2009-9-7 10:55:

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              autodock                     sybyl
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版本          WINDOWS LINUX OX             WINDOWS LINUX的不好用
源代码        开放原代码 编译                不开放源代码,不可编译
来源          scrip                        trips公司
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sybyl公司有很多培训,但都是要交钱的。autodock的培训网上都有。
总而言之,sybyl和很多美国公司一样。将软件产品封装得很好。但是软件很好用。你们就会依赖它。慢慢的就丧失了自主创新能力。他买软件说多少钱就是多少钱。
autodock是scrip的一个研究小组开发的。开放性很强。很多东西需要你根据自己情况去调整。所以学起来比较难。但是用会了以后你能做出很多自己的东西。
总之,sybyl是典型的拿来主义产物。在中国浮躁的科研环境下很受用。管他多少钱,买来后点击几下,再做一些数据,文章就出来了。简直就是暴发户。所以文章中常常提到用sybyl来做药物设计。相反,autodock需要学编程。语句什么的。除文章慢阿。
幸好我不是异常渴求文章的在读博士硕士。也不是等着上位的老板。我只是一名普通的科研所的职工。完成老板任务以后什么都可以慢慢来。我准备慢慢来玩autodock。不为别的,就是爱好。

...

这个,这个比较也太那个了。说sybyl浮躁,自己何尝不是。最少也要先搞清楚功能和用处再说吧。
3楼2009-09-07 13:44:08
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ggdh

专家顾问 (正式写手)


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这个还是拿vasp和masterial studio比 比较合适吧。。。。
autodock和sybyl确实可比性不强
4楼2009-09-09 21:57:28
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)


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vasp 也只能与 castep 比吧,vasp 的功能远不及 ms 多和强大,呵呵……
5楼2009-09-09 22:10:39
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2009-9-7 13:25:
你咋比较的呢?autodock 与 sybyl 根本不具可比性啊,呵呵……

autodock 的功能也就是 sybyl 中一个模块,sybyl 的功能远非 autodock 所能提供的啊……

其实你说的也就是开源软件与商业软件之间的关系……

非常同意,非常支持!!!!!!如果要比较,最好自己用过再说,去道听途说不是做科研的好做法。

偶人微言轻,别介意。。。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
6楼2009-09-10 00:35:40
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winterose_

铜虫 (小有名气)


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另,sybyl是tripos公司的...
支持楼上,楼主比较的心得是sybyl中的FlexX或新版的Surflex-Dock与AutoDock的异同吧,而且这两种软件基与的算法是不同的,打分函数也是不同的...
所以..这个比较...
7楼2009-09-12 14:31:25
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happyfly

新虫 (初入文坛)

autodock可以做分子全息构效关系分析吗


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如题,想用autodock呢,但不知能用否??
8楼2009-09-22 18:43:38
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