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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs 按照教程进行MD模拟报错
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一只狗在

新虫 (小有名气)
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gromacs 按照教程进行MD模拟报错
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$  gmx grompp -f martini_md.mdp -c minimized.gro -p dppc.top -o dppc-md.tpr
在输入这句后报错，错误信息如下
Executable:   /usr/local/gromacs/bin/gmx
Data prefix:  /usr/local/gromacs
Working dir:  /home/boy/package/DPPC
Command line:
  gmx grompp -f martini_md.mdp -c minimized.gro -p dppc.top -o dppc-md.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'title'
Ignoring obsolete mdp entry 'ns_type'
Replacing old mdp entry 'nstxtcout' by 'nstxout-compressed'
Replacing old mdp entry 'xtc_precision' by 'compressed-x-precision'

WARNING 1 [file martini_md.mdp]:
  The Berendsen barostat does not generate any strictly correct ensemble,
  and should not be used for new production simulations (in our opinion).
  For isotropic scaling we would recommend the C-rescale barostat that also
  ensures fast relaxation without oscillations, and for anisotropic scaling
  you likely want to use the Parrinello-Rahman barostat.

Setting the LD random seed to -1883248777

Generated 0 of the 780 non-bonded parameter combinations

Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'DPPC'

Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'W'

Velocities were taken from a Maxwell distribution at 320 K
Analysing residue names:
There are:   896      Other residues
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group DPPC is 4606.00
Number of degrees of freedom in T-Coupling group W is 2303.00

Determining Verlet buffer for a tolerance of 0.005 kJ/mol/ps at 323 K

Calculated rlist for 1x1 atom pair-list as 1.414 nm, buffer size 0.314 nm

Set rlist, assuming 4x4 atom pair-list, to 1.288 nm, buffer size 0.188 nm

Note that mdrun will redetermine rlist based on the actual pair-list setup

This run will generate roughly 22 Mb of data

There was 1 warning

-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, version 2022
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.cpp (line 2645)

Fatal error:
Too many warnings (1).
If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at https://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-----------------------------------------------

本人小白，刚接触gromacs和md，真诚求助

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1楼 2022-04-08 16:57:27
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杨承璐

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主解决了没有，我也遇到相同的问题了，求帮助
赞一下 回复此楼
13楼2024-07-25 23:03:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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shabeir

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
加-maxwarn 3就可以了
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2022-04-12 13:43:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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tzynew2楼
2022-04-08 16:58   回复  
一只狗在(金币+1): 谢谢参与
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话落谁家9楼
2022-04-08 19:16   回复  
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chenhuanlong8楼
2022-04-08 18:54   回复  
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139720338827楼
2022-04-08 18:37   回复  
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17146795com11楼
2022-04-09 15:09   回复  
一只狗在(金币+1): 谢谢参与
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caopinqiang10楼
2022-04-09 00:11   回复  
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nian'bei5楼
2022-04-08 17:11   回复  
一只狗在(金币+1): 谢谢参与
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gaghuah4楼
2022-04-08 17:09   回复  
一只狗在(金币+1): 谢谢参与
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柏拉图之恋3楼
2022-04-08 17:06   回复  
一只狗在(金币+1): 谢谢参与
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?@yl6楼
2022-04-08 18:29   回复  
一只狗在(金币+1): 谢谢参与
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