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Sassari

[交流] 【求助】请教脚本编写和执行的问题

大家好
初学VASP,很多简单的东西都不懂
最近照着例子做晶格常数的计算
例子上说用一个脚本来确定POSCAT文件
我写好了INCAT KPOINTS POTCAR
然后脚本是这样的

#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3
do
cat > POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
Direct
0 0 0
!
echo "a = $i angstrom "; time vasp
E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n" , $5}' '
V='grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n" , $5}' '
echo %V $E >>EtVo.dat
done

然后用chmod +x run_a0命令使他变成可执行文件

然后./run_a0

就出现了


./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control
./run_a0: line 17: fg: no job control
a = 4.25 angstrom
./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control
./run_a0: line 17: fg: no job control
a = 4.3 angstrom
./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control
./run_a0: line 17: fg: no job control


我不明白这是什么意思

请教各位了

还有编写好脚本之后到底怎样运行才能做晶格参数的计算呢?
是运行这个脚本还是?
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)


Sassari(金币+1):谢谢参与
这种方法算晶格常数, 我都是建10个文件夹,分别计算的。
也不会麻烦很多。
2楼2009-09-06 21:03:15
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snail594

金虫 (小有名气)


Sassari(金币+1):谢谢参与
猜测是time vasp那句,估计要改成执行vasp任务的指令,具体没试过,当初用这个脚本时候同样遇到此问题
Inlearningwetrust
3楼2009-09-06 21:27:40
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shenxianshifu

至尊木虫 (知名作家)

宗师


Sassari(金币+1):谢谢参与
不太清楚,顶一下
4楼2009-09-06 21:50:37
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2008911

银虫 (小有名气)

★ ★
Sassari(金币+1):谢谢参与
qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 9-9 13:30
LZ的脚本没有错。LZ检查一下VASP编译器,VASP编译器的路径不对,没有设置在bin目录下,所以你的脚本找不到要调入的数据库,不能运行。
超光速
5楼2009-09-06 21:54:52
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freer007

木虫 (正式写手)


Sassari(金币+1):谢谢参与
我以前也做过这个例子,好像也出过问题,可惜,我不记得了。
6楼2009-09-06 22:06:52
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tjyl

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
Sassari(金币+1):谢谢参与
yjr(金币+2,VIP+0):谢谢!! 9-7 08:04
帮你修改一下,你自己试试吧。
其实就是你没有注意 " ` "和 " ' "的区别。
"`   command  `"是以前老的写法,现在比较推荐$( command )这种方式,减少出错吧。
其实都一样的。

----------------------------------------------------------
#!/bin/sh
rm WAVECAR -rf
for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3
do
cat > POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
Direct
0 0 0
!
echo "a = $i angstrom "; time vasp
E=$( grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n" , $5}' )
V=$( grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n" , $5}' )
echo $V  $E >>EtVo.dat
done
---------------------------------------------------------------------------
[quote]Originally posted by Sassari at 2009-9-6 15:39:
大家好
初学VASP,很多简单的东西都不懂
最近照着例子做晶格常数的计算
例子上说用一个脚本来确定POSCAT文件
我写好了INCAT KPOINTS POTCAR
然后脚本是这样的
7楼2009-09-06 22:58:52
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tfh00

银虫 (小有名气)

★ ★
Sassari(金币+1):谢谢参与
yjr(金币+1,VIP+0):谢谢!! 9-7 08:05
vasp没有发到默认的命令搜索路进里面吧
把vasp拷贝到 /bin下面
8楼2009-09-07 07:44:42
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wenxuan5788

金虫 (正式写手)

★ ★
Sassari(金币+1):谢谢参与
yjr(金币+1,VIP+0):谢谢!! 9-7 12:11
我觉得你还是不要写脚本,自己一个个设置进行计算,设置十个也就可以了,也用不了多长时间。虽然可能会麻烦点,但是不会出现这样的错误。
9楼2009-09-07 12:07:23
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$


Sassari(金币+1):谢谢参与
用7楼的脚本应该不会有什么问题了,楼主肯定没有把vasp在的目录放到PATH中,应该加入。也可以考虑把vasp拷到/bin里面
10楼2009-09-07 14:06:27
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