Znn3bq.jpeg
查看: 1569  |  回复: 18
当前主题已经存档。

Sassari

[交流] 【求助】请教脚本编写和执行的问题

大家好
初学VASP,很多简单的东西都不懂
最近照着例子做晶格常数的计算
例子上说用一个脚本来确定POSCAT文件
我写好了INCAT KPOINTS POTCAR
然后脚本是这样的

#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3
do
cat > POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
Direct
0 0 0
!
echo "a = $i angstrom "; time vasp
E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n" , $5}' '
V='grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n" , $5}' '
echo %V $E >>EtVo.dat
done

然后用chmod +x run_a0命令使他变成可执行文件

然后./run_a0

就出现了


./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control
./run_a0: line 17: fg: no job control
a = 4.25 angstrom
./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control
./run_a0: line 17: fg: no job control
a = 4.3 angstrom
./run_a0: line 15: vasp: command not found

real    0m0.000s
user    0m0.000s
sys     0m0.001s
./run_a0: line 16: fg: no job control
./run_a0: line 17: fg: no job control


我不明白这是什么意思

请教各位了

还有编写好脚本之后到底怎样运行才能做晶格参数的计算呢?
是运行这个脚本还是?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)


Sassari(金币+1):谢谢参与
这种方法算晶格常数, 我都是建10个文件夹,分别计算的。
也不会麻烦很多。
2楼2009-09-06 21:03:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snail594

金虫 (小有名气)


Sassari(金币+1):谢谢参与
猜测是time vasp那句,估计要改成执行vasp任务的指令,具体没试过,当初用这个脚本时候同样遇到此问题
Inlearningwetrust
3楼2009-09-06 21:27:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shenxianshifu

至尊木虫 (知名作家)

宗师


Sassari(金币+1):谢谢参与
不太清楚,顶一下
4楼2009-09-06 21:50:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2008911

银虫 (小有名气)

★ ★
Sassari(金币+1):谢谢参与
qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 9-9 13:30
LZ的脚本没有错。LZ检查一下VASP编译器,VASP编译器的路径不对,没有设置在bin目录下,所以你的脚本找不到要调入的数据库,不能运行。
超光速
5楼2009-09-06 21:54:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

freer007

木虫 (正式写手)


Sassari(金币+1):谢谢参与
我以前也做过这个例子,好像也出过问题,可惜,我不记得了。
6楼2009-09-06 22:06:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjyl

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
Sassari(金币+1):谢谢参与
yjr(金币+2,VIP+0):谢谢!! 9-7 08:04
帮你修改一下,你自己试试吧。
其实就是你没有注意 " ` "和 " ' "的区别。
"`   command  `"是以前老的写法,现在比较推荐$( command )这种方式,减少出错吧。
其实都一样的。

----------------------------------------------------------
#!/bin/sh
rm WAVECAR -rf
for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3
do
cat > POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
Direct
0 0 0
!
echo "a = $i angstrom "; time vasp
E=$( grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n" , $5}' )
V=$( grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n" , $5}' )
echo $V  $E >>EtVo.dat
done
---------------------------------------------------------------------------
[quote]Originally posted by Sassari at 2009-9-6 15:39:
大家好
初学VASP,很多简单的东西都不懂
最近照着例子做晶格常数的计算
例子上说用一个脚本来确定POSCAT文件
我写好了INCAT KPOINTS POTCAR
然后脚本是这样的
7楼2009-09-06 22:58:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tfh00

银虫 (小有名气)

★ ★
Sassari(金币+1):谢谢参与
yjr(金币+1,VIP+0):谢谢!! 9-7 08:05
vasp没有发到默认的命令搜索路进里面吧
把vasp拷贝到 /bin下面
8楼2009-09-07 07:44:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wenxuan5788

金虫 (正式写手)

★ ★
Sassari(金币+1):谢谢参与
yjr(金币+1,VIP+0):谢谢!! 9-7 12:11
我觉得你还是不要写脚本,自己一个个设置进行计算,设置十个也就可以了,也用不了多长时间。虽然可能会麻烦点,但是不会出现这样的错误。
9楼2009-09-07 12:07:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

veryman

木虫 (正式写手)

$_$


Sassari(金币+1):谢谢参与
用7楼的脚本应该不会有什么问题了,楼主肯定没有把vasp在的目录放到PATH中,应该加入。也可以考虑把vasp拷到/bin里面
10楼2009-09-07 14:06:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Sassari 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 急需审稿人!!! +3 陆小果画大饼 2026-04-21 3/150 2026-04-21 23:54 by jzy_123456
[考研] 295分求调剂 +6 ?要上岸? 2026-04-17 6/300 2026-04-21 08:18 by Equinoxhua
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +11 否极泰来2026 2026-04-15 13/650 2026-04-20 22:31 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[论文投稿] 期刊推荐 +3 材料研究生 2026-04-15 5/250 2026-04-20 16:02 by 豆豆7758
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[考研] 一志愿沪9,生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
信息提示
请填处理意见