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吴桂叶金虫 (正式写手)
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【求助】autodock对接结果分析
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想请问大家一下，我做autodock对接完成之后，怎样用adt来分析其小分子与大分子的相互作用呢？ 尤其是我从anaylize中的conformation中保存了一种构象的pdb和pdbqt格式。我当时点的是保存 complex对吧？但是保存下载的pdb和pdbqt格式的东西，我在adt里面再重新打开的话，大分子的形态就调整不好了。如果选成大分子是按照表面形态保存，小分子是显示化学键形态的话。那么大分子在小分子插入的部分就变成空的了？这是怎么回事呢？怎么不相文献上所说的应该是小分子在大分子的一沟槽中的感觉呢？ 两个分子相互作用时有静电相互作用，可以用软件给显示出来了 相互作用的危重，而且还标注了重要残基的名称 ，这些我不太清楚AUTO能不能做到？还是需要特殊的软件来分析呢？ 可能说的比较繁琐，谢谢大家的指点了。 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:49 ] |
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