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【讨论】Gromacs在分子动力学中的应用
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GROMACS是分子动力学通用软件包，用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。它特别适用于生物分子，如蛋白质，油脂等有大量复杂健作用的体系，但是由于GROMACS在计算非键作用（这占了模拟的主要部分）时相当快，因此也可广泛应用于非生物体系，如聚合物。 GROMACS对代码进行了很多算法上的和针对不同硬件的优化，执行效率通常比其它同类程序高3-10倍，GROMACS界面友好，支持全部程序模块的图形用户界面。 我们是西北一家专门从事高性能计算的单位，主要提供TYAN的刀片集群及各种专业工作站、服务器。现向您推荐近期推出的最新的低功耗刀片服务器FX71，该款高性能计算刀片服务器的具体配置如下： TYAN FX71 刀片配置 名 称 配 置 数量 Bbone B2935F71S10 10刀 处理器 Opteron 2376(四核，2.3G) 20颗 内存 2G RECC DDRII 667 80条 硬盘 320G SATA(2.5" ) 11块 显卡 板载 10个 网卡 板载4个千兆 10组 电源 3KW电源(每节点300W) 10个 机箱 4U 机架式 1个 主要技术指标及功能描述 1、 处理器、内存、网络 系统由1个主控存储节点构成，9个计算节点，共计10个节点，均可参与计算。每个计算节点为两颗四核CPU，16GB内存 320GB SATA II 硬盘，4个千兆网络接口；主控管理存储节点为两颗四核CPU，16GB内存，2块320GB SATA 硬盘，4个千兆网络接口；全部节点的处理器均采用两颗CPU(Opteron 2376 (Barcelona核心，2M L2，6M L3 Cache))，节点之间采用千兆以太网互联，形成管理和计算通讯网络。 2、 计算性能 理论系统峰值：736GFLOPS（7.36千亿次/秒） 网络性能： Gigabit Ethernet: 1 Gbps 数据传输率，16Gbps Back-Plane 内存总容量：160GB 磁盘总容量：3.5TB 操作系统：Red Hat Enterprise Linux AS 4/5 或 ROCKS 5.1 Windows Compute Cluster Server 2003（WCCS2003）（可选配） 3、 并行开发环境 数学库，PVM MPICH2 V1.0.8 Intel® Fortran Compiler 9.1 for Linux/Windows Intel® C++ Compiler 9.1 for Linux/Windows 4、 管理 众多的监视功能帮助系统管理者轻而易举地从某一计算节点的部件及应用水平的角度来检查系统状态。这一功能可有效追踪系统的运行状况、预测计算趋势、避免计算瓶颈，同时也可以为未来的计算需求提供战略指导方案。 5、 优势 高性能。TYAN FX71具有强大的并行计算能力，巨大的内存(160GB，可扩展至640GB)和外部存储能力(3.5TB)。采用先进的AMD四核CPU，系统共有 80个计算核心(CORE)。在该系统下，500万网格的全机模型，计算流体力学软件CFX只需运行20分钟就可以获得一个状态的流场参数，有利于飞行器的设计。 低成本。整个系统高端配置，FX71价格在20万以内。 低功耗。该系统采用的四核CPU，耗电低，每个节点功耗不超过300W, 整个系统的耗电低于30KW，节省了电费。 低运行成本。采用先进的热量管理和散热技术，不需要专用的空调系统。在办公环境即可正常运行，节约了用户的投资。 结构紧凑。TYAN FX71是目前计算密度最高的刀片服务器。TYAN FX71系统设计紧凑，体积小，10个计算节点，交换机等一个机柜即可全部容纳(FX71只需4U空间)。 维护方便。系统设计紧凑，安装的管理软件可以方便一般用户维护，而不需要专门配备维护队伍。 由此可见，TYAN FX71高性能计算集群系统的全周期运行成本非常低，适合研究人员，课题组，和研究部门使用。 如需其他配置的服务器、工作站配置或报价，请回复邮件或来电，我们将在最短时间内对您的问题和要求进行细致周到的答复。 欢迎咨询了解~ 电话：13227744921 QQ：540698674 [ Last edited by xahpc on 2009-12-9 at 11:25 ] |
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