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汕头大学海洋科学接受调剂
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)


[交流] 引物二聚体 在设计的时候 是不可避免的么?

我设计一条单链DNA,想让它在反应过程中不形成双链。

用PP5验证发现,没有发夹结构,但二聚体始终不能消除。

故有上面的疑惑:引物设计过程中二聚体是没法消除的么?
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caicaiyy

铜虫 (小有名气)

不可避免

这是不可避免的,按照概率来算,引物20bp就可有10对9对8对7对等的二聚体,每对可以配对的概率是1/4,10对就有2.5对可以配上,即使你设计他没有一对配上,但它可以移动位置配成9、8、7对等,那也可能配上。
9楼2009-10-07 14:47:30
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
司马诸葛(金币+2,VIP+0):谢谢交流 8-30 10:03
引物二聚体的形成不单单是在引物设计的时候,后面的PCR扩增条件的不适也会造成

引物二聚体的出现。摸索下后面的PCR条件,引物设计软件只能告诉你现在设计的引

物之间的配对,发卡结构等问题。至于后面的PCR反应时的实际情况,要试了才知

道。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2009-08-30 10:00:33
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)


引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2009-8-30 10:00:
引物二聚体的形成不单单是在引物设计的时候,后面的PCR扩增条件的不适也会造成

引物二聚体的出现。摸索下后面的PCR条件,引物设计软件只能告诉你现在设计的引

物之间的配对,发卡结构等问题。至于后面的PCR ...

我设计的单链DNA不是用来做PCR的,只是为了不让他形成双链即可。

故只要在设计的时候不出现 二聚体 就好。

多谢您的提醒。
3楼2009-08-30 10:03:31
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)


不是用来做PCR的。
4楼2009-08-30 14:53:30
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