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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 引物二聚体 在设计的时候 是不可避免的么？
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)

[交流] 引物二聚体 在设计的时候 是不可避免的么？

我设计一条单链DNA，想让它在反应过程中不形成双链。

用PP5验证发现，没有发夹结构，但二聚体始终不能消除。

故有上面的疑惑：引物设计过程中二聚体是没法消除的么？
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1楼2009-08-30 09:39:26
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
司马诸葛(金币+2,VIP+0):谢谢交流 8-30 10:03
引物二聚体的形成不单单是在引物设计的时候，后面的PCR扩增条件的不适也会造成

引物二聚体的出现。摸索下后面的PCR条件，引物设计软件只能告诉你现在设计的引

物之间的配对，发卡结构等问题。至于后面的PCR反应时的实际情况，要试了才知

道。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2009-08-30 10:00:33
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2009-8-30 10:00:
引物二聚体的形成不单单是在引物设计的时候，后面的PCR扩增条件的不适也会造成

引物二聚体的出现。摸索下后面的PCR条件，引物设计软件只能告诉你现在设计的引

物之间的配对，发卡结构等问题。至于后面的PCR ...

我设计的单链DNA不是用来做PCR的，只是为了不让他形成双链即可。

故只要在设计的时候不出现 二聚体 就好。

多谢您的提醒。
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3楼2009-08-30 10:03:31
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)
不是用来做PCR的。
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4楼2009-08-30 14:53:30
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)
单链DNA之间一定会形成二聚体么？

[ Last edited by hihoney on 2009-9-3 at 15:26 ]
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5楼2009-09-03 15:25:39
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bioxixi

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
何不说明用途，这样才好分析，很多时候软件分析有二聚体并不影响实验
我想问一下，不形成发夹机构那么单链怎么会形成二聚体呢？
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6楼2009-09-03 15:37:35
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by bioxixi at 2009-9-3 15:37:
何不说明用途，这样才好分析，很多时候软件分析有二聚体并不影响实验
我想问一下，不形成发夹机构那么单链怎么会形成二聚体呢？

多谢回复。

用来做蛋白质与DNA的相互作用。

二聚体，就是自己和自己配对，两条链之间间的碱基配对。
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7楼2009-09-03 15:57:43
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)
不是 用来做 PCR的 。
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8楼2009-09-16 15:27:48
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caicaiyy

铜虫 (小有名气)

不可避免

这是不可避免的，按照概率来算，引物20bp就可有10对9对8对7对等的二聚体，每对可以配对的概率是1/4,10对就有2.5对可以配上，即使你设计他没有一对配上，但它可以移动位置配成9、8、7对等，那也可能配上。
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9楼2009-10-07 14:47:30
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by caicaiyy at 2009-10-7 14:47:
这是不可避免的，按照概率来算，引物20bp就可有10对9对8对7对等的二聚体，每对可以配对的概率是1/4,10对就有2.5对可以配上，即使你设计他没有一对配上，但它可以移动位置配成9、8、7对等，那也可能配上。

多谢你的回复。

那 ，  如果做蛋白质与单链DNA的相互作用， 岂不是就没有单链DNA可以用了?
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10楼2009-10-07 21:18:17
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