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hnyuanwb

金虫 (正式写手)

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[交流] 请教A，B类问题，多谢！！！

PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D    H2B ..  H21    ..    1.62 Ang.

PLAT731_ALERT_1_A Bond Calc    0.9(3), Rep    0.85(2) ......    9.90 su-Ra
            OW3  -H7    1.555 1.555
PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent O    Ueq(max)/Ueq(min) ...    4.66 Ratio
PLAT242_ALERT_2_B Check Low    Ueq as Compared to Neighbors for       Cd5
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O1    ..  OW15 ..    2.68 Ang.

精修后check还发现这类问题，请问如何解决？请各位帮忙，谢谢！

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1楼2009-08-28 23:17:24

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yinpanchao

新虫 (小有名气)

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answer

★ ★ ★ ★
hnyuanwb(金币+1):谢谢参与
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-29 09:02
hnyuanwb(金币+2,VIP+0): 8-29 17:52

1，the fisrt A alert: 说H...H之间的距离太近，实际上是H连接的两个主原子之间的距离太近了，用Dfix把两个主原子之间的距离调远就可以了。
2，the second A alert: O-H键长不对，用DFIX 命令限制这个O上对应O-H键长。如果是共价连接，应该是0.98附近。
3，the first B alert: 晶体结构里面的一个片段上所有O的温度因子差别太大。在XP里面观看每个片段，看哪个片段里面的O最大温度因子和O最小温度因子之比达到了4.66.然后用SIMU,甚至可以用EADP把温度因子大的O温度因此调小。
4，the second B alert:Cd5相对附近原子的温度因此偏小，可以把Cd5和附近原子用SIMU和DELU来精修。
5, the third B alert: 它是认为这两个氧的距离太近了，我个人认为可是由于形成了较强氢键造成的，应该没问题，不用解决。Platon也有它的局限性。
总之你多试试吧。经验多了就没问题了。

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2楼2009-08-29 06:50:11

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413565631

银虫 (正式写手)

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paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-29 09:02
hnyuanwb(金币+1,VIP+0): 8-29 17:53

3，the first B alert: 晶体结构里面的一个片段上所有O的温度因子差别太大。在XP里面观看每个片段，看哪个片段里面的O最大温度因子和O最小温度因子之比达到了4.66.然后用SIMU,甚至可以用EADP把温度因子大的O温度因此调小。
请问楼上其中的SIMU EADP命令怎么用啊？

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3楼2009-08-29 08:45:01

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xi2004

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waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-29 11:10
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hnyuanwb(金币+4,VIP+0): 8-30 06:07

2楼说的有些可能不够准确

1. 绝大多数情况是其中一个氢的取向有问题。要删去，重新从D-Fmap中找。
2. 是O-H键长的偏差不对。建议用DFIX 0.85 0.03 来取代dfix 0.85 0.02. 其实不过不是很必要，最后用afix 3代替dfix更好。
3. 补充 : simu就可以了，不要eadp. 命令格式是simu 0.01 0.02 o1 o2
但如果不是投acta,完全可以不管的。
还有，如果O周围残余峰较高，要考虑做无旭处理。
5. 应该是水上还没有加氢。

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