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hnyuanwb金虫 (正式写手)
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请教A，B类问题，多谢！！！
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PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H2B .. H21 .. 1.62 Ang. PLAT731_ALERT_1_A Bond Calc 0.9(3), Rep 0.85(2) ...... 9.90 su-Ra OW3 -H7 1.555 1.555 PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) ... 4.66 Ratio PLAT242_ALERT_2_B Check Low Ueq as Compared to Neighbors for Cd5 PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact O1 .. OW15 .. 2.68 Ang. 精修后check还发现这类问题，请问如何解决？请各位帮忙，谢谢！ |
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yinpanchao
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1，the fisrt A alert: 说H...H之间的距离太近，实际上是H连接的两个主原子之间的距离太近了，用Dfix把两个主原子之间的距离调远就可以了。 2，the second A alert: O-H键长不对，用DFIX 命令限制这个O上对应O-H键长。如果是共价连接，应该是0.98附近。 3，the first B alert: 晶体结构里面的一个片段上所有O的温度因子差别太大。在XP里面观看每个片段，看哪个片段里面的O最大温度因子和O最小温度因子之比达到了4.66.然后用SIMU,甚至可以用EADP把温度因子大的O温度因此调小。 4，the second B alert:Cd5相对附近原子的温度因此偏小，可以把Cd5和附近原子用SIMU和DELU来精修。 5, the third B alert: 它是认为这两个氧的距离太近了，我个人认为可是由于形成了较强氢键造成的，应该没问题，不用解决。Platon也有它的局限性。 总之你多试试吧。经验多了就没问题了。 |
2楼2009-08-29 06:50:11
413565631
银虫 (正式写手)
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3楼2009-08-29 08:45:01
xi2004
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2楼说的有些可能不够准确 1. 绝大多数情况是其中一个氢的取向有问题。要删去，重新从D-Fmap中找。 2. 是O-H键长的偏差不对。 建议用DFIX 0.85 0.03 来取代dfix 0.85 0.02. 其实不过不是很必要， 最后用afix 3代替dfix更好。 3. 补充 : simu就可以了， 不要eadp. 命令格式是simu 0.01 0.02 o1 o2 但如果不是投acta,完全可以不管的。 还有， 如果O周围残余峰较高， 要考虑做无旭处理。 5. 应该是水上还没有加氢。 |
4楼2009-08-29 09:14:06
hnyuanwb
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5楼2009-08-29 17:55:15
liujunhero
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