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louiyang木虫 (正式写手)
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如何在让tex中生成的Z值和原子个数是整数?
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| 生成的tex文件中,经常有Z值和原子个数是小数的情况,该怎么弄才好 |
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2楼2009-08-28 17:19:21
3楼2009-08-28 17:34:30
louiyang
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4楼2009-08-28 21:10:06
cfocus20
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Z ????????????,??????п???packing ?к??????????????????б??????????????,?@Щ?????????XXX.ins?˙n?????--->?????? TITL XXXX in Pbca CELL 0.71073 13.9820 20.3331 22.8019 90.000 90.000 90.000 ZERR 4.00 0.0003 0.0003 0.0006 0.000 0.000 0.000------->4??Z? LATT 1 SYMM 0.5-X, -Y, 0.5+Z SYMM -X, 0.5+Y, 0.5-Z SYMM 0.5+X, 0.5-Y, -Z SFAC C H O ZN UNIT 272 344 32 28---------------->?????? |
5楼2009-08-28 21:40:49
louiyang
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1) Z value (number of formula units per cell) followed by the estimated standard deviations in the unit-cell dimensions. Z is only required for the CIF output; the cell esds contribute to the estimated esds in bond lengths etc. after full-matrix refinement. 2) Look at the value that XPREP has calculated for Z (the number of formula units per unit cell). Z is always an integer and very often is a power of 2 (1, 2, 4, 8, or 16), and more rarely other numbers (e.g. a multiple of 3 for trigonal and hexagonal space groups). 3) Calculate an approximate value of Z using the following formula (which works for many organic and inorganic compounds): Z = (volume of unit cell in Å3) / (10 times the number of atoms in molecule) This formula often gives values of Z that are more reliable than those suggested by XPREP. More sophisticated methods for estimating Z have also been discussed (see Girolami, G. S. J. Chem. Educ. 1994, 71, 962-964). 4) XPREP sometimes miscalculates Z and gives an unreasonable value such as 5; if this is the case, override it by typing Z and then enter in a new value. 上文介绍了如何来确定初步的Z值。在LZ的case里，建议你查看自己的lst文件，找到如下位置： Unit-cell contents from UNIT instruction and atom list resp. C 66.00 46.00 H 54.00 54.00 N 4.00 4.00 Co 4.00 4.00 O 4.00 4.00 查看你的ins文件，找到如下位置： ……………… SFAC C H N Co O UNIT 66 54 4 4 4 ……………… 修改UNIT的原子个数为上述lst文中第二列相应数字 为 ……………… SFAC C H N Co O UNIT 46 54 4 4 4 ……………… 接下来就要修改Z值，如果想避免最后的txt文件中出现小数的话，需要找到一个最佳Z值，我通常的做法就是最大公约数。 另外，Z值大都是为2^n （1, 2, 4, 8, or 16）。很少出现异常数值，只有少数在trigonal and hexagonal的space group中有3的幂指数Z值。 Z值的确定大概是如此了。共勉。 |
8楼2009-08-29 02:42:45
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8楼总结得很好. 补充一点. Z值的大小取决于 1.空间群的等效点系数目 2. 你自己认为的组成结构的最基本单元(formula). 举个简单的例子 空间群P-1, 等效点数是2, 所以一般Z值就是2. 但是如果你的配合物中有一个金属, 又正好处于特殊位置, 其sof 是0.5, 要经过对称操作后才是个完整的配合物(比如CuL2). 那么, z=1, formua是CuL2. 换句话说, 如果你取formula为Cu0.5L,那么Z=2; 取 formula =CuL2, 则Z=1 还有, 有时侯你加氢没加完, 则不能全信.lst中所列的, 要把没加的H算到你的分子式中. |
9楼2009-08-29 10:26:19
louiyang
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10楼2009-08-29 19:26:32
