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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 向ACta Cryst. C或E投稿, 需要产生氢键表, 该怎么办呢?
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angellyq

木虫 (正式写手)

[交流] 向ACta Cryst. C或E投稿, 需要产生氢键表, 该怎么办呢?

按照我查到的方法，我先在.ins中加HTAB；然后从.lst中 查看可能的氢键, 但是没找到
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)    这样的内容，为什么呢？可是氢键（C-H•••O）在晶体堆积图里面可以看到的呀？
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1楼 2009-08-28 17:04:28
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dpzhang

木虫 (正式写手)

nihao

★ ★
waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-28 18:53
angellyq(金币+1,VIP+0):好像行不通哦！！ 8-28 22:15
看看你的C-H-o的氢键的相关参数吧
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生活还要继续
2楼2009-08-28 17:33:13
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monoclinic

木虫 (小有名气)
★ ★
waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-28 18:53
angellyq(金币+1,VIP+0):试过了，不行，还是没成，不过谢谢哦! 8-28 22:15
可以逐渐增加HTAB后面的值，直到你想要的氢键出现。
如在ins中可写：
HTAB   3.2000

3.2000 这个值是可以调整的。
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-08-28 18:31:04
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monoclinic

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-28 18:54
angellyq(金币+1,VIP+0):可以在Mercury中查到，但不知道怎样编入列表！？ 8-28 22:16
angellyq(金币+1,VIP+0):可以在Mercury中查到，但不知道怎样编入列表！？ 8-28 22:16
再有就是在Mercury里面查找，然后按照氢键列表的要求自己编。
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4楼2009-08-28 18:39:18
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lijianghua2007

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
angellyq(金币+1,VIP+0):我没有正版的pwt，无法一试哦，不过谢谢哦 8-28 22:17
waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-30 10:24
可以用pwt将cif文件转成sup文件，昨天刚学会的。sup文件有关于所有氢键的表格！
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淡泊名利，宁静致远。
5楼2009-08-28 19:57:29
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棉中藏刺

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-29 08:59
在cif最后一段前面加入一段，并将氢键认真填写！然后投稿就会自动产生氢键表了！
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_publ_flag
Cx Hy Clz x.xxx x.xxx x.xxx xxx.xx. x

[ Last edited by 棉中藏刺 on 2009-8-28 at 23:13 ]
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6楼2009-08-28 23:11:12
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-29 08:59
用Mercury软件（在http://www.ccdc.cam.ac.uk免费服务栏可下载）打开CIF文件，复选氢键或短接触框，可以看到氢键或短接触。
   
      用右上方的测量工具测量这些氢键（或短接触）的键长和键角并记下。
      自己编一段氢键列表，如下格式：
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_publ_flag
  O51 H51 O34  0.84 2.25   3.005(18)  150      .     n
  N1  H1B O23  0.92 1.85   2.760(11)  172  1_445 y
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There is a will,there is a way.
7楼2009-08-29 03:21:42
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yinpanchao

新虫 (小有名气)

answer

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 8-29 08:59
使用Shelxl中的Xcif可以很简单介乎额，因为里面会问你是否需要产生氢键表，你选Y就可以了。会产生一个文本，用ultraedit打开后存成doc文件就可以看到表格了。
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8楼2009-08-29 06:36:31
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angellyq

木虫 (正式写手)

6楼和7楼的回复真的很有效哦

在cif里面自己编写氢键列表真的可行哦，这次又学会了一招。真的很感谢
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9楼2009-08-30 10:00:50
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
7楼说的编写是啥意思?
偏差不能编啊.
Mercury给的偏差不可信吧?

要在shelx或shelxtl里计算啊.
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xi2004-emuch@163.com
10楼2009-08-30 15:08:18
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