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xbjyccnu

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[交流] 【求助】请问在sybyl中怎样设置能画出这样形式的分子

我要收集数据，本来有一个数据集中已有这样形式的mol2文件，如下：

@MOLECULE
indinavir
45 49 1    0 0
SMALL
USER_CHARGES
@ATOM
1 C    -1.0880    2.3653    1.5338 C.2    1  0497
2 C1    -0.4929    0.9846    1.7088 C.3    1  0497
3 C2    -0.2143    3.3166    2.0258 C.2    1  0497
4 C3    -2.3007    2.7578    0.9919 C.2    1  0497
5 C4    0.6337    1.1593    2.7493 C.3    1  0497
6 N    -1.5072    0.0535    2.2093 N.3    1  0497
7 C5    1.0278    2.6402    2.5653 C.3    1  0497
8 C6    -0.5530    4.6583    1.9696 C.2    1  0497
9 C7    -2.6363    4.0962    0.9360 C.2    1  0497
  10 O       0.1449    0.9242    4.0714 O.3    1  0497
  11 C8    -2.3183 -0.5878    1.3448 C.2    1  0497
  12 C9    -1.7602    5.0481    1.4237 C.2    1  0497
  13 C10    -3.3816 -1.5226    1.8612 C.3    1  0497
  14 O11    -2.1926 -0.4126    0.1514 O.2    1  0497
  15 C12    -2.7643 -2.8954    2.1354 C.3    1  0497
  16 C13    -4.4901 -1.6615    0.8158 C.3    1  0497
  17 C14    -1.7104 -2.7677    3.2050 C.2    1  0497
  18 C15    -5.6499 -2.4660    1.4061 C.3    1  0497
  19 C16    -2.0677 -2.8334    4.5388 C.2    1  0497
  20 C17    -0.3856 -2.5906    2.8524 C.2    1  0497
  21 C18    -6.8199 -2.4725    0.4203 C.3    1  0497
  22 O19    -5.2238 -3.8083    1.6484 O.3    1  0497
  23 C20    -1.1010 -2.7162    5.5199 C.2    1  0497
  24 C21    0.5811 -2.4735    3.8335 C.2    1  0497
  25 N22    -7.9743 -3.1417    1.0347 N.3    1  0497
  26 C23    0.2231 -2.5338    5.1673 C.2    1  0497
  27 C24    -9.1208 -2.9031    0.1494 C.3    1  0497
  28 C25    -7.6972 -4.5829    0.9942 C.3    1  0497
  29 C26 -10.3366 -3.6751    0.6631 C.3    1  0497
  30 C27    -9.4364 -1.4297    0.1235 C.2    1  0497
  31 C28    -8.9130 -5.3549    1.5080 C.3    1  0497
  32 N29 -10.0595 -5.1162    0.6226 N.3    1  0497
  33 N30 -10.4579 -0.9725 -0.6275 N.3    1  0497
  34 O31    -8.7712 -0.6555    0.7784 O.2    1  0497
  35 C32 -11.2139 -5.7855    1.2371 C.3    1  0497
  36 C33 -10.7647    0.4598 -0.6526 C.3    1  0497
  37 C34 -11.1120 -7.2718    1.0105 C.2    1  0497
  38 C35    -9.5501    1.2325 -1.1709 C.3    1  0497
  39 C36 -11.9595    0.7093 -1.5752 C.3    1  0497
  40 C37 -11.1049    0.9334    0.7619 C.3    1  0497
  41 C38 -10.4546 -8.0781    1.9267 C.2    1  0497
  42 C39 -11.6779 -7.8493 -0.1107 C.2    1  0497
  43 C40 -10.3860 -9.4405    1.6772 C.2    1  0497
  44 N41 -11.5936 -9.1491 -0.3153 N.2    1  0497
  45 C42 -10.9711 -9.9456    0.5317 C.2    1  0497
@BOND
1 1 2 1
2 1 3 2
3 1 4 1
4 2 5 1
5 2 6 1
6 3 7 1
7 3 8 1
8 4 9 2
9 5 10 1
  10 6 11 am
  11 8 12 2
  12 11 13 1
  13 11 14 2
  14 13 15 1
  15 13 16 1
  16 15 17 1
  17 16 18 1
  18 17 19 2
  19 17 20 1
  20 18 21 1
  21 18 22 1
  22 19 23 1
  23 20 24 2
  24 21 25 1
  25 23 26 2
  26 25 27 1
  27 25 28 1
  28 27 29 1
  29 27 30 1
  30 28 31 1
  31 29 32 1
  32 30 33 am
  33 30 34 2
  34 32 35 1
  35 33 36 1
  36 35 37 1
  37 36 38 1
  38 36 39 1
  39 36 40 1
  40 37 41 2
  41 37 42 1
  42 41 43 1
  43 42 44 2
  44 43 45 2
  45 5 7 1
  46 9 12 1
  47 24 26 1
  48 31 32 1
  49 44 45 1
@SUBSTRUCTURE
1  0497 1
@COMMENT
MOLNAME INDINAVIR
MOLFORMULA C36 H47 N5 O4
MONO# 04979
mol.weight 613.807129
L#_TEXT ht 613.807129
CAS.REGNO_TEXT 150378-17-9
activity.cat ANTIVIRAL

我要把我找的的分子也要搞成一样的格式，但无论我先用mol格式在open babel中转为mol2，还是直接在sybyl中画，都与他不一样，而且他的 user_charges是要怎么设置啊？我怎么能看出如上的分子是否在sybyl中能量优化了呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:40 ]

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