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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问在sybyl中怎样设置能画出这样形式的分子
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问在sybyl中怎样设置能画出这样形式的分子

我要收集数据，本来有一个数据集中已有这样形式的mol2文件，如下：

@MOLECULE
indinavir
   45    49    1     0    0
SMALL
USER_CHARGES
@ATOM
   1 C       -1.0880     2.3653     1.5338 C.2      1  0497  
   2 C1      -0.4929     0.9846     1.7088 C.3      1  0497  
   3 C2      -0.2143     3.3166     2.0258 C.2      1  0497  
   4 C3      -2.3007     2.7578     0.9919 C.2      1  0497  
   5 C4       0.6337     1.1593     2.7493 C.3      1  0497  
   6 N       -1.5072     0.0535     2.2093 N.3      1  0497  
   7 C5       1.0278     2.6402     2.5653 C.3      1  0497  
   8 C6      -0.5530     4.6583     1.9696 C.2      1  0497  
   9 C7      -2.6363     4.0962     0.9360 C.2      1  0497  
  10 O        0.1449     0.9242     4.0714 O.3      1  0497  
  11 C8      -2.3183    -0.5878     1.3448 C.2      1  0497  
  12 C9      -1.7602     5.0481     1.4237 C.2      1  0497  
  13 C10     -3.3816    -1.5226     1.8612 C.3      1  0497  
  14 O11     -2.1926    -0.4126     0.1514 O.2      1  0497  
  15 C12     -2.7643    -2.8954     2.1354 C.3      1  0497  
  16 C13     -4.4901    -1.6615     0.8158 C.3      1  0497
  17 C14     -1.7104    -2.7677     3.2050 C.2      1  0497  
  18 C15     -5.6499    -2.4660     1.4061 C.3      1  0497  
  19 C16     -2.0677    -2.8334     4.5388 C.2      1  0497  
  20 C17     -0.3856    -2.5906     2.8524 C.2      1  0497
  21 C18     -6.8199    -2.4725     0.4203 C.3      1  0497  
  22 O19     -5.2238    -3.8083     1.6484 O.3      1  0497  
  23 C20     -1.1010    -2.7162     5.5199 C.2      1  0497  
  24 C21      0.5811    -2.4735     3.8335 C.2      1  0497  
  25 N22     -7.9743    -3.1417     1.0347 N.3      1  0497  
  26 C23      0.2231    -2.5338     5.1673 C.2      1  0497  
  27 C24     -9.1208    -2.9031     0.1494 C.3      1  0497
  28 C25     -7.6972    -4.5829     0.9942 C.3      1  0497  
  29 C26    -10.3366    -3.6751     0.6631 C.3      1  0497  
  30 C27     -9.4364    -1.4297     0.1235 C.2      1  0497  
  31 C28     -8.9130    -5.3549     1.5080 C.3      1  0497  
  32 N29    -10.0595    -5.1162     0.6226 N.3      1  0497  
  33 N30    -10.4579    -0.9725    -0.6275 N.3      1  0497  
  34 O31     -8.7712    -0.6555     0.7784 O.2      1  0497
  35 C32    -11.2139    -5.7855     1.2371 C.3      1  0497  
  36 C33    -10.7647     0.4598    -0.6526 C.3      1  0497  
  37 C34    -11.1120    -7.2718     1.0105 C.2      1  0497  
  38 C35     -9.5501     1.2325    -1.1709 C.3      1  0497  
  39 C36    -11.9595     0.7093    -1.5752 C.3      1  0497  
  40 C37    -11.1049     0.9334     0.7619 C.3      1  0497  
  41 C38    -10.4546    -8.0781     1.9267 C.2      1  0497  
  42 C39    -11.6779    -7.8493    -0.1107 C.2      1  0497
  43 C40    -10.3860    -9.4405     1.6772 C.2      1  0497  
  44 N41    -11.5936    -9.1491    -0.3153 N.2      1  0497  
  45 C42    -10.9711    -9.9456     0.5317 C.2      1  0497  
@BOND
   1    1    2 1
   2    1    3 2
   3    1    4 1
   4    2    5 1
   5    2    6 1
   6    3    7 1
   7    3    8 1
   8    4    9 2
   9    5   10 1
  10    6   11 am
  11    8   12 2
  12   11   13 1
  13   11   14 2
  14   13   15 1
  15   13   16 1
  16   15   17 1
  17   16   18 1
  18   17   19 2
  19   17   20 1
  20   18   21 1
  21   18   22 1
  22   19   23 1
  23   20   24 2
  24   21   25 1
  25   23   26 2
  26   25   27 1
  27   25   28 1
  28   27   29 1
  29   27   30 1
  30   28   31 1
  31   29   32 1
  32   30   33 am
  33   30   34 2
  34   32   35 1
  35   33   36 1
  36   35   37 1
  37   36   38 1
  38   36   39 1
  39   36   40 1
  40   37   41 2
  41   37   42 1
  42   41   43 1
  43   42   44 2
  44   43   45 2
  45    5    7 1
  46    9   12 1
  47   24   26 1
  48   31   32 1
  49   44   45 1
@SUBSTRUCTURE
   1  0497    1
@COMMENT
MOLNAME INDINAVIR        
MOLFORMULA C36 H47 N5 O4     
MONO# 04979        
mol.weight 613.807129        
L#_TEXT ht 613.807129      
CAS.REGNO_TEXT 150378-17-9        
activity.cat ANTIVIRAL        

我要把我找的的分子也要搞成一样的格式，但无论我先用mol格式在open babel中转为mol2，还是直接在sybyl中画，都与他不一样，而且他的 user_charges是要怎么设置啊？我怎么能看出如上的分子是否在sybyl中能量优化了呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:40 ]
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1楼 2009-08-28 15:10:47
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-28 20:10
在 sybyl 中走一遍能量最小化就可以了，呵呵……
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2楼2009-08-28 16:43:09
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2009-8-28 16:43:
在 sybyl 中走一遍能量最小化就可以了，呵呵……

是minimize吗？那max iteration 迭代步速应该设为多少呢？
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3楼2009-08-28 18:28:37
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
loovfnd(金币+1,VIP+0):TS 8-28 21:11
设大一些好了， 我一般设 1000，反正这个很快的
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-08-28 20:30:21
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 8-29 09:29
补充一句，别忘了加电荷。
赞一下(6人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2009-08-28 22:07:12
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)
他的 user_charges是要怎么设置啊？
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6楼2009-09-02 12:33:47
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