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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 5'RACE产物弥散
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xuhuaiqian

铁虫 (初入文坛)

[交流] 5'RACE产物弥散

本人现在做植物的5'RACE，用的是clone tech的smart kit，基因特异引物间可以扩增出目的大小的片段，说明反转录没有问题，但是特异引物和5'UPM间扩增只有弥散的带，一直没有特异片段的产生，求助各位达人是什么问题，怎么解决。
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1楼 2009-08-28 09:18:09
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十比

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
退火温度太高了， 先用很很低的温度如48 50跑几个循环，再用较高的温度跑
另外目的产物的大小不能太长。
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7楼2009-08-28 16:18:34
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rainbamboo8707

金虫 (小有名气)
提高退火温度 使用touchdown-pcr试试
不行的话就设计巢式引物，做nest-pcr
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2楼2009-08-28 09:37:09
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xuhuaiqian

铁虫 (初入文坛)
我用的是巢式+touchdown，
第一轮68+66+64，条带弥散，第二轮58+56+54.弥散。
第一轮72+70+68，弥散，第二轮58+56+54，弥散。
直接梯度，从68到58，没有弥散条带，只有引物二聚体了。
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3楼2009-08-28 09:45:12
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rainbamboo8707

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
那你的PCR是多少循环啊 ？
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4楼2009-08-28 09:53:20
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