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[交流] 基于ERA核酸快检扩增 Cas12a 突变体,用于检测结核分枝杆菌中的链霉素耐药基因突变

耐药结核病(TB)是一个严重的公共卫生问题,威胁着全球结核病的预防和控制。

我国是耐药结核高负担国家之一,据世界卫生组织估计,约有1/4-1/5耐多药结核病人发生在中国,耐药结核病的流行情况较为严重,2007~2008年开展的全国结核病耐药性基线调查结果显示,我国肺结核患者中耐多药率为8.3%,据此估算,我国每年新发耐多药患者12万例,占全球每年新发总数的24.0%,位列全球第二位。

而在近日,国家传染病临床研究中心研究者扩增偶联 Cas12a 突变体的模块,通过由先达基因研发的酶促恒温扩增技术(ERA技术),开发出Cas12 检测系统,可以识别更多非传统的原始间隔区相邻基序靶向序列,可以快速治疗和预防STR耐药结核病的疾病传播,有助于减少疾病传播和死亡率。

结核分枝杆菌的药敏试验是许多国家诊断耐药肺结核的金标准。但由于设备昂贵、污染率高、方法学耗时长,不利于疾病的早期诊断。耐药结核病阳性检出率低,缺乏快速、灵敏的检测方法,使大多数耐药结核病患者无法得到及时治疗。这导致疾病传播增加导致死亡人数增加,给结核病的防控带来诸多困难。

因此,迫切需要一种简单、快速、高灵敏度的耐药结核病检测方法。

而Sherlock的最吸引人的特点是实验的快速性。与传统PCR相比,酶促恒温扩增技术(ERA技术)可以将核酸扩增时间控制在30 min以内,简化了核酸扩增过程,缩短了扩增时间,且操作简单,灵敏度也可与PCR相媲美。

在此次研究中,目标基因通过ERA在基因组中扩增,并被 Cas12a RR 识别。同时,Sherlock 的单核苷酸特异性也被应用于与M.tb相关的突变。STR抗性具有高灵敏度和特异性,即使目标基因含量为总样本量的0.1%,Cas12a RR也能识别该基因。

与药敏实验和基因组测序相比,Cas12a检测系统具有更高的灵敏度和特异性,整个检测过程可在60 min内完成,在样本处理上也更有优势。这为耐药结核病患者的及时诊断和治疗带来了希望。

原文链接:https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.796916
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