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jocelyn03

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】TarFisDock中mol2格式提示无效

我用MS 4.4画的mPEG-SC的3D结构，保存为mol格式，然后用openbabel转换为mol2格式，可是上交到TarFisDock的时候提示说mol2格式无效，以下是我转换后的mol2格式，有没有人帮我指出哪里出了问题？

@MOLECULE
mPEG-SC
34 34 0 0 0
SMALL
GASTEIGER
Energy = 0

@ATOM
   1 C       -10.3909 0.8545 0.5884 C.3    1  LIG1       0.0718
   2 O       -9.3448 1.9121 0.3290 O.3    1  LIG1    -0.2380
   3 O       -7.9968 1.3035 0.2376 O.3    1  LIG1    -0.2327
   4 C       -6.9962 2.3831 -0.1080 C.3    1  LIG1       0.1061
   5 C       -5.5810 1.7982 -0.2953 C.3    1  LIG1       0.0742
   6 O       -5.1002 1.1423 0.9772 O.3    1  LIG1    -0.3740
   7 C       -3.7492 0.4966 0.7608 C.3    1  LIG1       0.0820
   8 C       -2.5942 1.5105 0.6165 C.3    1  LIG1       0.1192
   9 O       -1.3253 0.7135 0.4096 O.3    1  LIG1    -0.4301
   10 C       -0.0446 1.5033 0.5634 C.2    1  LIG1       0.5337
   11 O          1.1216 0.8764 1.2935 O.3    1  LIG1    -0.3036
   12 O          0.0687 2.9009 0.0004 O.2    1  LIG1    -0.2010
   13 N          2.4604 1.2831 0.8061 N.am 1  LIG1    -0.0607
   14 C          3.2397 2.4613 1.2566 C.2    1  LIG1       0.2556
   15 C          4.7213 2.3403 0.8218 C.3    1  LIG1       0.0357
   16 C          4.7014 1.2302 -0.2945 C.3    1  LIG1       0.0357
   17 C          3.3721 0.4770 -0.0420 C.2    1  LIG1       0.2556
   18 O          2.6723 3.6175 2.0452 O.2    1  LIG1    -0.2722
   19 O          3.0902 -0.9326 -0.5036 O.2    1  LIG1    -0.2722
   20 H       -10.3808 0.0889 -0.2612 H    1  LIG1       0.0555
   21 H       -11.4224 1.3449 0.6445 H    1  LIG1       0.0555
   22 H       -10.1671 0.3280 1.5782 H    1  LIG1       0.0555
   23 H       -6.9784 3.1617 0.7243 H    1  LIG1       0.0615
   24 H       -7.3186 2.8814 -1.0809 H    1  LIG1       0.0615
   25 H       -4.8590 2.6324 -0.5810 H    1  LIG1       0.0584
   26 H       -5.6080 1.0214 -1.1290 H    1  LIG1       0.0584
   27 H       -3.8007 -0.1537 -0.1736 H    1  LIG1       0.0594
   28 H       -3.5209 -0.1659 1.6597 H    1  LIG1       0.0594
   29 H       -2.5127 2.1231 1.5741 H    1  LIG1       0.0722
   30 H       -2.7710 2.2030 -0.2715 H    1  LIG1       0.0722
   31 H          5.2692 1.9216 1.7312 H    1  LIG1       0.0364
   32 H          5.2186 3.3069 0.4771 H    1  LIG1       0.0364
   33 H          5.6421 0.5852 -0.2914 H    1  LIG1       0.0364
   34 H          4.5773 1.7385 -1.3086 H    1  LIG1       0.0364
@BOND
   1    1    2 1
   2    2    3 1
   3    3    4 1
   4    4    5 1
   5    5    6 1
   6    6    7 1
   7    7    8 1
   8    8    9 1
   9    9 10 1
10 10 11 1
11 10 12 2
12 11 13 1
13 15 14 1
14 16 15 1
15 17 16 1
16 13 14 am
17 13 17 am
18 14 18 2
19 17 19 2
20    1 20 1
21    1 21 1
22    1 22 1
23    4 23 1
24    4 24 1
25    5 25 1
26    5 26 1
27    7 27 1
28    7 28 1
29    8 29 1
30    8 30 1
31 15 31 1
32 15 32 1
33 16 33 1
34 16 34 1

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1楼2009-08-25 15:04:02

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要不就用mol格式吧，一定要用mol2格式吗？呵呵
==mol文件开始===
mPEG-SC

Created by GaussView 4.1.2
34 34  0  0  0  0  0  0  0  0  0 0
  -10.3909 0.8545 0.5884 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-9.3448 1.9121 0.3290 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-7.9968 1.3035 0.2376 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-6.9962 2.3831 -0.1080 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-5.5810 1.7982 -0.2953 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-5.1002 1.1423 0.9772 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.7492 0.4966 0.7608 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-2.5942 1.5105 0.6165 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-1.3253 0.7135 0.4096 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.0446 1.5033 0.5634 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.1216 0.8764 1.2935 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.0687 2.9009 0.0004 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.4604 1.2831 0.8061 N 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.2397 2.4613 1.2566 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.7213 2.3403 0.8218 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.7014 1.2302 -0.2945 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.3721 0.4770 -0.0420 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.6723 3.6175 2.0452 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.0902 -0.9326 -0.5036 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -10.3808 0.0889 -0.2612 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -11.4224 1.3449 0.6445 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -10.1671 0.3280 1.5782 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-6.9784 3.1617 0.7243 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-7.3186 2.8814 -1.0809 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-4.8590 2.6324 -0.5810 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-5.6080 1.0214 -1.1290 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.8007 -0.1537 -0.1736 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
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-2.5127 2.1231 1.5741 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
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5.6421 0.5852 -0.2914 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.5773 1.7385 -1.3086 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
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  1 21  1  0  0  0  0
  1 22  1  0  0  0  0
  2  3  1  0  0  0  0
  3  4  1  0  0  0  0
  4  5  1  0  0  0  0
  4 23  1  0  0  0  0
  4 24  1  0  0  0  0
  5  6  1  0  0  0  0
  5 25  1  0  0  0  0
  5 26  1  0  0  0  0
  6  7  1  0  0  0  0
  7  8  1  0  0  0  0
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  7 28  1  0  0  0  0
  8  9  1  0  0  0  0
  8 29  1  0  0  0  0
  8 30  1  0  0  0  0
  9 10  1  0  0  0  0
10 11  1  0  0  0  0
10 12  2  0  0  0  0
11 13  1  0  0  0  0
13 14  1  0  0  0  0
13 17  1  0  0  0  0
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15 31  1  0  0  0  0
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16 17  1  0  0  0  0
16 33  1  0  0  0  0
16 34  1  0  0  0  0
17 19  2  0  0  0  0

==mol文件结束===

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2楼2009-08-25 15:56:11

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TarFisDock只能用mol2格式啊

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3楼2009-08-26 08:52:00

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一定要用mol2格式?
==mol2文件开始===

@MOLECULE
Molecule Name
34 34
SMALL
NO_CHARGES

@ATOM
1 C1 -10.3909    0.8545    0.5884 C
2 O2 -9.3448    1.9121    0.3290 O
3 O3 -7.9968    1.3035    0.2376 O
4 C4 -6.9962    2.3831 -0.1080 C
5 C5 -5.5810    1.7982 -0.2953 C
6 O6 -5.1002    1.1423    0.9772 O
7 C7 -3.7492    0.4966    0.7608 C
8 C8 -2.5942    1.5105    0.6165 C
9 O9 -1.3253    0.7135    0.4096 O
10 C10 -0.0446    1.5033    0.5634 C
11 O11    1.1216    0.8764    1.2935 O
12 O12    0.0687    2.9009    0.0004 O
13 N13    2.4604    1.2831    0.8061 N
14 C14    3.2397    2.4613    1.2566 C
15 C15    4.7213    2.3403    0.8218 C
16 C16    4.7014    1.2302 -0.2945 C
17 C17    3.3721    0.4770 -0.0420 C
18 O18    2.6723    3.6175    2.0452 O
19 O19    3.0902 -0.9326 -0.5036 O
20 H20 -10.3808    0.0889 -0.2612 H
21 H21 -11.4224    1.3449    0.6445 H
22 H22 -10.1671    0.3280    1.5782 H
23 H23 -6.9784    3.1617    0.7243 H
24 H24 -7.3186    2.8814 -1.0809 H
25 H25 -4.8590    2.6324 -0.5810 H
26 H26 -5.6080    1.0214 -1.1290 H
27 H27 -3.8007 -0.1537 -0.1736 H
28 H28 -3.5209 -0.1659    1.6597 H
29 H29 -2.5127    2.1231    1.5741 H
30 H30 -2.7710    2.2030 -0.2715 H
31 H31    5.2692    1.9216    1.7312 H
32 H32    5.2186    3.3069    0.4771 H
33 H33    5.6421    0.5852 -0.2914 H
34 H34    4.5773    1.7385 -1.3086 H
@BOND
1 1 2 1
2 1 20 1
3 1 21 1
4 1 22 1
5 2 3 1
6 3 4 1
7 4 5 1
8 4 23 1
9 4 24 1
10 5 6 1
11 5 25 1
12 5 26 1
13 6 7 1
14 7 8 1
15 7 27 1
16 7 28 1
17 8 9 1
18 8 29 1
19 8 30 1
20 9 10 1
21 10 11 1
22 10 12 2
23 11 13 1
24 13 14 1
25 13 17 1
26 14 15 1
27 14 18 2
28 15 16 1
29 15 31 1
30 15 32 1
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==mol2文件结束===

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jocelyn03

银虫 (小有名气)

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能不能指出我的格式有什么错误

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5楼2009-08-26 15:13:27

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