应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】TarFisDock中mol2格式提示无效
51/1返回列表
查看: 889  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

jocelyn03

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】TarFisDock中mol2格式提示无效

我用MS 4.4画的mPEG-SC的3D结构，保存为mol格式，然后用openbabel转换为mol2格式，可是上交到TarFisDock的时候提示说mol2格式无效，以下是我转换后的mol2格式，有没有人帮我指出哪里出了问题？

@MOLECULE
mPEG-SC
34 34 0 0 0
SMALL
GASTEIGER
Energy = 0

@ATOM
      1 C         -10.3909    0.8545    0.5884 C.3     1  LIG1        0.0718
      2 O          -9.3448    1.9121    0.3290 O.3     1  LIG1       -0.2380
      3 O          -7.9968    1.3035    0.2376 O.3     1  LIG1       -0.2327
      4 C          -6.9962    2.3831   -0.1080 C.3     1  LIG1        0.1061
      5 C          -5.5810    1.7982   -0.2953 C.3     1  LIG1        0.0742
      6 O          -5.1002    1.1423    0.9772 O.3     1  LIG1       -0.3740
      7 C          -3.7492    0.4966    0.7608 C.3     1  LIG1        0.0820
      8 C          -2.5942    1.5105    0.6165 C.3     1  LIG1        0.1192
      9 O          -1.3253    0.7135    0.4096 O.3     1  LIG1       -0.4301
     10 C          -0.0446    1.5033    0.5634 C.2     1  LIG1        0.5337
     11 O           1.1216    0.8764    1.2935 O.3     1  LIG1       -0.3036
     12 O           0.0687    2.9009    0.0004 O.2     1  LIG1       -0.2010
     13 N           2.4604    1.2831    0.8061 N.am    1  LIG1       -0.0607
     14 C           3.2397    2.4613    1.2566 C.2     1  LIG1        0.2556
     15 C           4.7213    2.3403    0.8218 C.3     1  LIG1        0.0357
     16 C           4.7014    1.2302   -0.2945 C.3     1  LIG1        0.0357
     17 C           3.3721    0.4770   -0.0420 C.2     1  LIG1        0.2556
     18 O           2.6723    3.6175    2.0452 O.2     1  LIG1       -0.2722
     19 O           3.0902   -0.9326   -0.5036 O.2     1  LIG1       -0.2722
     20 H         -10.3808    0.0889   -0.2612 H       1  LIG1        0.0555
     21 H         -11.4224    1.3449    0.6445 H       1  LIG1        0.0555
     22 H         -10.1671    0.3280    1.5782 H       1  LIG1        0.0555
     23 H          -6.9784    3.1617    0.7243 H       1  LIG1        0.0615
     24 H          -7.3186    2.8814   -1.0809 H       1  LIG1        0.0615
     25 H          -4.8590    2.6324   -0.5810 H       1  LIG1        0.0584
     26 H          -5.6080    1.0214   -1.1290 H       1  LIG1        0.0584
     27 H          -3.8007   -0.1537   -0.1736 H       1  LIG1        0.0594
     28 H          -3.5209   -0.1659    1.6597 H       1  LIG1        0.0594
     29 H          -2.5127    2.1231    1.5741 H       1  LIG1        0.0722
     30 H          -2.7710    2.2030   -0.2715 H       1  LIG1        0.0722
     31 H           5.2692    1.9216    1.7312 H       1  LIG1        0.0364
     32 H           5.2186    3.3069    0.4771 H       1  LIG1        0.0364
     33 H           5.6421    0.5852   -0.2914 H       1  LIG1        0.0364
     34 H           4.5773    1.7385   -1.3086 H       1  LIG1        0.0364
@BOND
     1     1     2    1
     2     2     3    1
     3     3     4    1
     4     4     5    1
     5     5     6    1
     6     6     7    1
     7     7     8    1
     8     8     9    1
     9     9    10    1
    10    10    11    1
    11    10    12    2
    12    11    13    1
    13    15    14    1
    14    16    15    1
    15    17    16    1
    16    13    14   am
    17    13    17   am
    18    14    18    2
    19    17    19    2
    20     1    20    1
    21     1    21    1
    22     1    22    1
    23     4    23    1
    24     4    24    1
    25     5    25    1
    26     5    26    1
    27     7    27    1
    28     7    28    1
    29     8    29    1
    30     8    30    1
    31    15    31    1
    32    15    32    1
    33    16    33    1
    34    16    34    1

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-15 at 02:35 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
开心积极面对😊
1楼 2009-08-25 15:04:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
要不就用mol格式吧，一定要用mol2格式吗？呵呵
==mol文件开始===
mPEG-SC

Created by GaussView 4.1.2
34 34  0  0  0  0  0  0  0  0  0    0
  -10.3909    0.8545    0.5884 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -9.3448    1.9121    0.3290 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -7.9968    1.3035    0.2376 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -6.9962    2.3831   -0.1080 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -5.5810    1.7982   -0.2953 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -5.1002    1.1423    0.9772 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.7492    0.4966    0.7608 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.5942    1.5105    0.6165 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3253    0.7135    0.4096 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.0446    1.5033    0.5634 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.1216    0.8764    1.2935 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0687    2.9009    0.0004 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.4604    1.2831    0.8061 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.2397    2.4613    1.2566 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.7213    2.3403    0.8218 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.7014    1.2302   -0.2945 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.3721    0.4770   -0.0420 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.6723    3.6175    2.0452 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.0902   -0.9326   -0.5036 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -10.3808    0.0889   -0.2612 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -11.4224    1.3449    0.6445 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  -10.1671    0.3280    1.5782 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -6.9784    3.1617    0.7243 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -7.3186    2.8814   -1.0809 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.8590    2.6324   -0.5810 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -5.6080    1.0214   -1.1290 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.8007   -0.1537   -0.1736 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.5209   -0.1659    1.6597 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.5127    2.1231    1.5741 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.7710    2.2030   -0.2715 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.2692    1.9216    1.7312 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.2186    3.3069    0.4771 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.6421    0.5852   -0.2914 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.5773    1.7385   -1.3086 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1 20  1  0  0  0  0
  1 21  1  0  0  0  0
  1 22  1  0  0  0  0
  2  3  1  0  0  0  0
  3  4  1  0  0  0  0
  4  5  1  0  0  0  0
  4 23  1  0  0  0  0
  4 24  1  0  0  0  0
  5  6  1  0  0  0  0
  5 25  1  0  0  0  0
  5 26  1  0  0  0  0
  6  7  1  0  0  0  0
  7  8  1  0  0  0  0
  7 27  1  0  0  0  0
  7 28  1  0  0  0  0
  8  9  1  0  0  0  0
  8 29  1  0  0  0  0
  8 30  1  0  0  0  0
  9 10  1  0  0  0  0
10 11  1  0  0  0  0
10 12  2  0  0  0  0
11 13  1  0  0  0  0
13 14  1  0  0  0  0
13 17  1  0  0  0  0
14 15  1  0  0  0  0
14 18  2  0  0  0  0
15 16  1  0  0  0  0
15 31  1  0  0  0  0
15 32  1  0  0  0  0
16 17  1  0  0  0  0
16 33  1  0  0  0  0
16 34  1  0  0  0  0
17 19  2  0  0  0  0

==mol文件结束===
赞一下 回复此楼
2楼2009-08-25 15:56:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jocelyn03

银虫 (小有名气)
TarFisDock只能用mol2格式啊
赞一下 回复此楼
开心积极面对😊
3楼2009-08-26 08:52:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
一定要用mol2格式?
==mol2文件开始===

@MOLECULE
Molecule Name
34 34
SMALL
NO_CHARGES


@ATOM
1 C1   -10.3909     0.8545     0.5884 C
2 O2    -9.3448     1.9121     0.3290 O
3 O3    -7.9968     1.3035     0.2376 O
4 C4    -6.9962     2.3831    -0.1080 C
5 C5    -5.5810     1.7982    -0.2953 C
6 O6    -5.1002     1.1423     0.9772 O
7 C7    -3.7492     0.4966     0.7608 C
8 C8    -2.5942     1.5105     0.6165 C
9 O9    -1.3253     0.7135     0.4096 O
10 C10    -0.0446     1.5033     0.5634 C
11 O11     1.1216     0.8764     1.2935 O
12 O12     0.0687     2.9009     0.0004 O
13 N13     2.4604     1.2831     0.8061 N
14 C14     3.2397     2.4613     1.2566 C
15 C15     4.7213     2.3403     0.8218 C
16 C16     4.7014     1.2302    -0.2945 C
17 C17     3.3721     0.4770    -0.0420 C
18 O18     2.6723     3.6175     2.0452 O
19 O19     3.0902    -0.9326    -0.5036 O
20 H20   -10.3808     0.0889    -0.2612 H
21 H21   -11.4224     1.3449     0.6445 H
22 H22   -10.1671     0.3280     1.5782 H
23 H23    -6.9784     3.1617     0.7243 H
24 H24    -7.3186     2.8814    -1.0809 H
25 H25    -4.8590     2.6324    -0.5810 H
26 H26    -5.6080     1.0214    -1.1290 H
27 H27    -3.8007    -0.1537    -0.1736 H
28 H28    -3.5209    -0.1659     1.6597 H
29 H29    -2.5127     2.1231     1.5741 H
30 H30    -2.7710     2.2030    -0.2715 H
31 H31     5.2692     1.9216     1.7312 H
32 H32     5.2186     3.3069     0.4771 H
33 H33     5.6421     0.5852    -0.2914 H
34 H34     4.5773     1.7385    -1.3086 H
@BOND
1 1 2 1
2 1 20 1
3 1 21 1
4 1 22 1
5 2 3 1
6 3 4 1
7 4 5 1
8 4 23 1
9 4 24 1
10 5 6 1
11 5 25 1
12 5 26 1
13 6 7 1
14 7 8 1
15 7 27 1
16 7 28 1
17 8 9 1
18 8 29 1
19 8 30 1
20 9 10 1
21 10 11 1
22 10 12 2
23 11 13 1
24 13 14 1
25 13 17 1
26 14 15 1
27 14 18 2
28 15 16 1
29 15 31 1
30 15 32 1
31 16 17 1
32 16 33 1
33 16 34 1
34 17 19 2

==mol2文件结束===

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-8-26 at 16:23 ]
赞一下 回复此楼
4楼2009-08-26 09:21:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jocelyn03

银虫 (小有名气)
能不能指出我的格式有什么错误
赞一下 回复此楼
开心积极面对😊
5楼2009-08-26 15:13:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jocelyn03 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +16 低垂的野花 2026-07-31 22/1100 2026-08-01 16:39 by Cathyau
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 9/450 2026-08-01 15:50 by y4XuShGyllvT
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 6/300 2026-08-01 15:46 by y4XuShGyllvT
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 11/550 2026-08-01 15:43 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 11/550 2026-08-01 15:43 by y4XuShGyllvT
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 8/400 2026-08-01 15:42 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 19/950 2026-08-01 15:18 by 40862026
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 8/400 2026-07-31 18:13 by beefly
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[考博] 申请2027年材料/化学类博士 10+3 考研老狗? 2026-07-25 5/250 2026-07-30 19:33 by 白色木鱼
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了？ +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭