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关于有参转录组比对率低的问题。求助已有1人参与
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各位虫友： 您好。现有一关于有参转录组比对率低的问题向大家请教！ 本人所进行的试验为自毒物质对植物根系进行胁迫，研究根系边缘细胞（能够遇水自动脱落的细胞）基因表达水平的变化。将样品送公司以后达到了检测合格标准，但数据回来时发现有两个处理的三次重复比对率很低。其中CK和处理2（中浓度）的比对率在86%以上（这个属于正常），而处理1（低浓度）的比对率分别为45%，60%和77%%，处理3（高浓度）的比对率分别为29%，39%和45%。 先想请教 问题一：这是什么原因造成的呢？给公司打电话咨询也没有给出肯定回答，只说有可能是胁迫影响的，但是处理2（中浓度）的比对率在86%以上，如果是胁迫原因造成，处理2的比对率也应该降低才对。 问题二：是否有虫友经历过此种情况呢？在写论文的时候，如何解释该问题？ |
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